回答編集履歴
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**更に追記：**2018/04/04 13:41
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コメントを再度確認、追記
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と認識して動作しても正しい仕様ですので文句は言えません。なので、CR+LF ではダメだと言えることにつながります。
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**更に追記：**2018/04/04 11:30
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> 「なんだこのキャラクターは？！ こんなものは処理の対象外だ！エラーだ！エラー！！」
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コメントでご指摘を受けたように、確かに語弊がありました。`"\r"`(CR)自体がエラーになるのではなくて、
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bash で語句分割を行った後、`"\r"`を結局どう扱うかに依存しているようでした。
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Cygwinでのbashスクリプトの実行結果です。do01_LF.sh は`"\n"`(LF)のみ終わるbashシェルスクリプトです。対して、do01_CRLF.sh は`"\r\n"`(CRLF)で終わる同じ内容のスクリプトです。
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otnさんの別回答にありますが、WindowsのCygwin版のせいか、bashのバージョンによるのか、コードの各行が`"\r\n"`で終わっていてもそれ自体には問題なく動作しています。
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$uname -a
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CYGWIN_NT-6.1-WOW turtle0 2.10.0(0.325/5/3) 2018-02-02 15:21 i686 Cygwin
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$ cat do01_LF.sh
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#!/bin/bash
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V1=1
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if [ $V1 -eq 1 ]; then
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echo "TRUE"
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echo "FALSE"
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fi
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$bash --version
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GNU bash, バージョン 4.4.12(3)-release (i686-pc-cygwin)
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Copyright (C) 2016 Free Software Foundation, Inc.
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ライセンス GPLv3+: GNU GPL バージョン 3 またはそれ以降 <http://gnu.org/licenses/gpl.html>
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This is free software; you are free to change and redistribute it.
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There is NO WARRANTY, to the extent permitted by law.
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$./do01_LF.sh
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TRUE
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問題無く動きます。これを改行コード`"\r\n"`(CRLF)のdo01_CRLF.shで実行すると
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$./do01_CRLF.sh
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./do01_CRLF.sh: 行 2: $'\r': コマンドが見つかりません
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./do01_CRLF.sh: 行 10: 構文エラー: 予期しないファイル終了 (EOF) です
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$
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となります。shebang行の下の2行目は空行ですが、「`./do01_CRLF.sh: 行 2: $'\r': コマンドが見つかりません`」と報告されます。bash自身のエラーと言うわけではありません。`"\r"`をコマンドと認識しているように見えます。
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補足を追記
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尚、**CR+LF形式でコーディングすると、シェルによってはシェルスクリプトが動作しません。**
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**追記しました：**2018/04/04 11:30
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自分の回答を読み直してみて、少し直接的でない部分もあったと思いましたので補足します。
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LF(0x0A/newline)のみを行の終端として扱うのがPOSIX準拠のUNIXのプログラムであるならば、bashのようなシェルにとってはCR(0x0D)が行の終端のLFの前にあると、
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「なんだこのキャラクターは？！ こんなものは処理の対象外だ！エラーだ！エラー！！」
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と認識して動作しても正しい仕様ですので文句は言えません。なので、CR+LF ではダメだと言えることにつながります。
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