回答編集履歴

- 見たところ、面の押し出しに失敗しているような気がします。同じ個所に頂点が重複されてしまっているせいで選択した面が分離して移動されてしまっているようです。

- もしかして、面を押し出すときにEscキーでキャンセルしてやり直そうとしませんでしたか？BlenderではEキーの押し出しをEscキーでキャンセルしてもその面と同じところに重なって面が生成されてしまいます。押し出しを無効にするにはEscキーでキャンセルしてもCtrl+Zで作業を取り消す必要があります。

- とりあえず、Aキーですべての頂点を選択してスペシャルメニュー（Wキー）から「重複頂点を削除」で重なっている頂点を無くしてみてください。