回答編集履歴
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test
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Eclipse でプロジェクトを作成すると Makefile 等が自動で作成されて、実行前にその Makefile でモジュールを再作成することがあります。
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実行時に make が動いたりしていませんか？もし make が動いている場合、Makefile の中にデバッグオプションでのコンパイルがなされていますか？
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プロジェクトを右クリックしてプロパティを見ます
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C/C++ ビルドで 構成が Debug になっているか？
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make のコマンドは意図したものになっているか？
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自動的に Makefile の生成にチェックがはいっているか？
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（例ではチェックをいれていますが、質問者さんの意図ではチェックをいれない方がいいかと・・・）
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等々を確認します。
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