回答編集履歴
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修正
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ソースを変換することが重要なのであれば私なら構文解析して組み直します。
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四則演算とカッコと累乗のみであれば構文木まで作らずともカッコを数えながら簡単に変換できるかもしれませんし、かえって構文木を作った方が簡単かもしれません。
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どちらにしても正規表現でやるよりは楽そうです。
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追記
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再帰する可能性があるので正規表現では面倒です。vim の正規表現ではできないかもしれません。
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別の方法を考えるのが楽だと思います。
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別の方法の一例としてソースレベルで変換するのではなく MATLAB でコンパイルした dll を読み込んだり exe と通信する方法があるのを紹介しておきます。
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[VisualC++を使ってMATLABとＣ言語をつなぎたいのですが、どのようにしたらいいのでしょうか。](https://jp.mathworks.com/matlabcentral/answers/103906-visualc-matlab)
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ソースを変換することが重要なのであれば私なら構文解析して組み直します。
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