回答編集履歴
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追記
test
CHANGED
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wp-adminディレクトリを[最新のもの](https://ja.wordpress.org/download/)で上書きしてみてはどうでしょうか。バックアップは取っておいてください。
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全く触ってないWPの`meta-box-order_post`カラムを確認したところ、こうなってました。（分かりやすいように改行を入れてます）
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s:4:"side";
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s:51:"submitdiv,categorydiv,tagsdiv-post_tag,postimagediv";
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s:6:"normal";
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s:77:"aiosp,postexcerpt,trackbacksdiv,postcustom,commentstatusdiv,slugdiv,authordiv";
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s:8:"advanced";
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s:0:"";
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試しに"公開"のメタボックスをエディタの下に移動したところ、
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s:41:"categorydiv,tagsdiv-post_tag,postimagediv";
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s:6:"normal";
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s:87:"aiosp,postexcerpt,trackbacksdiv,postcustom,commentstatusdiv,slugdiv,authordiv,submitdiv";
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s:8:"advanced";
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のように変化しました。メタボックスの位置を保存しているのはここで間違いなさそうですね。
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これを前者のように修正しても直らないようであれば、wp_usermetaはユーザーごとに管理されているので、WPに新規ユーザーを追加して同じカラムを確認してみたら良さそうです。
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