回答編集履歴
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(2)のケースではa, b, cをそれぞれ選択することができてRefactorでaをrenameしたりmoveしたりできますが(1)の状態はa, bノード
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(2)のケースではa, b, cをそれぞれ選択することができてRefactorでaをrenameしたりmoveしたりできますが(1)の状態ではa, bノードは表示されずcパッケージだけをa.b.cとして表示するという仕様です。ゆえにa.b.cをrenameしようとしても「cをどうrenameするか」という操作と見做されます。
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でできると思います。最近のちゃんとしたIDEには多分ついている気がするので「リファクタリング」というキーワードを覚えておくとよいと思います。
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追記：回答コメントを拝見して気づいたこと
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a.b.c => aa.bb.ccへのパッケージ変更ですが・・・AndroidStudioのプロジェクトビューはこういう感じになっていますね
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(1) aの下にパッケージbしかなくbの下にもcしかない場合のプロジェクトビュー
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+ a.b.c => package階層が一つのノードとして表示されるが・・・
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(2) aの下に別のパッケージb2がありbの下に別のソースb.javaがある場合
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+ c <== (1)でのa.b.cはこのノードを指す
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+ b.java
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+ b2
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(2)のケースではa, b, cをそれぞれ選択することができてRefactorでaをrenameしたりmoveしたりできますが(1)の状態はa, bノードを表示されずcパッケージだけをa.b.cとして表示するという仕様です。ゆえにa.b.cをrenameしようとしても「cをどうrenameするか」という操作と見做されます。
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パッケージのRefactoring(rename/move etc.)はあくまで一つのパッケージ階層に対してしか行えないのでそれを踏まえて操作を考えるというべきでした。
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最初に戻ってa.b.c => aa.bb.ccにするなら最小でも3つの操作が必要だと思います。
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(m1) aa.bbを新規に追加
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(m2) a.b.cを選びRefactor>Moveでaa.bbへ移動
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(m3) aa.bb.cをRefactor>Renameでaa.bb.ccへ変更
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トップ階層のパッケージjp.co.company.facility => com.company.facilityに変更するといった場合も上記と同様の考え方でcompanyパッケージをjp.co=>comへ移動としたいのですが、そのままではcompanyパッケージを操作できないので
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(m1) jp.coの下に何かのソースを追加
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これも直接はできないので一旦jp.co.company.facilityの下にダミーのソースを追加してからそのソースをjp.coにMoveすると前述の(1)から(2)に表示が変わるのでcompanyパッケージの操作ができるようになります
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(m2) comパッケージを追加
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(m3) jp.co.companyをcomパッケージへ移動
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表示上はcompanyノードが表示されているはずなのでそれを選びRefactor>Moveでcomの下へ移動する
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(m4) ダミーのソースを削除
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こんな手順になると思います。ポイントはあくまでRefactorにより「全ての整合性を取った状態でプロジェクト構造を変更する」ことですが、パッケージ階層の変更は複数のRefactor操作の組み合わせとする必要があることを踏まえ、操作手順を考えないといけないみたいです。
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