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  という関係で、出力プログラムをエクセルのVBAで行うからといって、出力データと一緒にする必要は無いし、逆に分離していた方が色々と使いまわしが可能になります。

 

  分離することで必要になるのは、入力と出力のパスなどの指定を行わせることですけど、こちら([3種類の[ファイルを開く]ダイアログボックス](http://officetanaka.net/excel/vba/tips/tips154.htm))などを参考にすれば可能なことですし。