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jinja2で`{%- -%}`は、テンプレート用のデリミタではなくて、制御構造を記述するデリミタですよ。
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動機がまったく理解できないのですが、どうしてもというなら、私ならjinja2のraw stringを使って固定部分を記述してレンダリングさせますね。`%`演算子や`format`関数にはそういったデリミタはないので、`%%`や`{{`などと全部エスケープしてやらないといけないので。
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以下はtitleだけ差し挟んだ場合です。
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from jinja2 import Template
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template = Template(u"""{% raw %}{%- set title="[main_title]" %}
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{%- set description="[description]" -%}
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{%- extends "outer.jinja2" -%}
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{% block breadcrumb %}
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<nav class="BreadCrumb" data-element="foundation">
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<div class="bread-crumb-container" data-element="container">
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<ol class="bread-crumb" data-grid="12" data-element="component" itemscope itemtype="http://schema.org/breadcrumblist">
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<li class="crumb" itemprop="itemlistelement" itemscope itemtype="http://schema.org/listitem">
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<a class="link" href="/" itemprop="item">
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<span itemprop="name">top</span>
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<li class="crumb" itemprop="itemlistelement" itemscope itemtype="http://schema.org/listitem">
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<a class="link" href="[parent_link]" itemprop="item">
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<span itemprop="name">[parent]</span>
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</a>
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</li>
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<li class="crumb" itemprop="itemlistelement" itemscope itemtype="http://schema.org/listitem">
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<a class="link" href="[link]" itemprop="item">
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<span itemprop="name">{% endraw %}{{ title }}{% raw %}</span>
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</a>
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</li>
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</ol>
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</div>
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</nav>
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{% endblock %}
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{% block article %}
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<article class="main-contents" data-grid="9" data-element="component">
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<header class="content-header" data-element="component">
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<h3 class="entypo-chart-pie title">{% endraw %}{{ title }}{% raw %}</h3>
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</header>
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<section class="content-toc" data-element="component">
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<h4 class="heading">目次</h4>
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<p class="title">{% endraw %}{{ title }}{% raw %}</p>
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<ul class="toc">
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<li class="item"><a class="link" href="#"></a></li>
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</ul>
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</section>
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<section id="" class="content-article" data-element="component">
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<h4 class="heading"></h4>
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<p class="sentence"></p>
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</section>
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<footer class="content-footer" data-element="component">
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</footer>
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</article>
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</main>
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{% endblock %}{% endraw %}
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""")
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print template.render(title=u'タイトル')
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と出力する（出力させる）と思うのですが。
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jinja2で`{%- -%}`は、テンプレート用のデリミタではなくて、制御構造を記述するデリミタですよ。
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