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  Windows API関数の中には、名前やウィンドウクラスから目的のウィンドウのハンドルを得るものや、ウィンドウメッセージを送信するものがあるため、やりようはあるのかと思います。ただ、やはり他人の作ったアプリケーションを勝手に操作するマルウェア的な動作は、勧められるものではないのでしょうね。