回答編集履歴
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文章がおかしいところを修正
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いずれにせよJavaFXとして実装されているjpegデコーダーで解釈できない形式が含まれる画像ファイルであるということは言えるでしょう。その警告メッセージが出ても画像自体がロードできるのであれば警告メッセージを無視するという対処もありだと思いますが、画像自体のデコードに失敗したり、警告を無視できない事情があるのであれば画像ファイル自体をチェックにひっかからないようなものに変更せざるを得ません。
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同様のエラーメッセージが出たときの[対処例が書かれているページ](https://colo-ri.jp/develop/2013/02/imagecreatefromjpeg-marker-0xd9-error.html)を見るとメタデータ（EXIF等）の部分をある種のソフトを使って取り去るという対処が書かれています。(このページ自体はJavaのデコーダーによる
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同様のエラーメッセージが出たときの[対処例が書かれているページ](https://colo-ri.jp/develop/2013/02/imagecreatefromjpeg-marker-0xd9-error.html)を見るとメタデータ（EXIF等）の部分をある種のソフトを使って取り去るという対処が書かれています。(このページ自体はJavaのデコーダーによる問題の記述ではありませんが、おそらく多くのJPEGデコーダーはIndependent JPEG Groupが提供している参照実装をベースに作られているでしょうから現象や対処は同じ考え方でよいと思います。)
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JFIFなどの除去を試してみるならば「JFIF情報 除去」で検索するといくつかヒットするようなので都合のよさそうなものを選んで試してみてはいかがでしょうか？
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