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トップに関する質問Rのパッケージを自作したい

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4

進捗を書きました。

2021/08/30 12:35

投稿

ques346
ques346

スコア47

test CHANGED
File without changes
test CHANGED
@@ -152,6 +152,12 @@
152
152
 
153
153
  アップした段階で使用はできるんでしょうか？できないのでしょうか？
154
154
 
155
+ また、アップの仕方が分かりません。記載のftp～にアクセスしましたが、
156
+
157
+ これをftpで開けません、FTPで開く、を押しても何も起きません。
158
+
159
+
160
+
155
161
  CRANの許可がいるとなったら、審査は厳しそうですよね・・・？
156
162
 
157
163
  次に、コマンドで使えるようになったらパッケージを自作したいのですが、どのようにしていけば良いのでしょうか・・・？

3

進捗を記しました。

2021/08/30 12:35

投稿

ques346
ques346

スコア47

test CHANGED
@@ -1 +1 @@
1
- Rのパッケージ作成、サイト通りにやったがエラー
1
+ Rのパッケージを自作したい
test CHANGED
@@ -1,16 +1,12 @@
1
1
  Rのパッケージ作成を行っております、
2
2
 
3
- サイトを参考にして行ったのですが、
3
+ 以下のサイトを参考に、まず完全に模倣して、できるかどうかやってみたのですが、
4
4
 
5
5
  https://sites.google.com/site/scriptofbioinformatics/r-tong-ji-guan-xi/rnopakkeji-kai-fanitsuite-r
6
6
 
7
- エラーが出てしまいました、またそのエラーの理由が分からず、どこを直せば良いのか分かりません、
8
-
9
- 進捗した所まで、具体的に書きました、やってみた事等ももちろん記載しているので、アドバイスお願いします。
10
7
 
11
8
 
12
-
9
+ ```やってみた事
13
-
14
10
 
15
11
  Rstudioに入力したコード
16
12
 
@@ -108,14 +104,6 @@
108
104
 
109
105
 
110
106
 
111
- buildingとありますが、こんなファイルは作成されていません、
112
-
113
- なんか、3.50じゃないから古すぎるとか・・・？
114
-
115
- 何をどう変えればいいんでしょう、一応最新のRstudioをDLしていると思うのですが・・・。
116
-
117
-
118
-
119
107
  RStudioについて
120
108
 
121
109
  Version 1.4 1717
@@ -132,6 +120,40 @@
132
120
 
133
121
 
134
122
 
135
- なんか、一応AAAA.tar.gzがデスクトップ上にできていたのですが、
123
+ なんか、一応AAAA.tar.gzがデスクトップ上にできており、
136
124
 
125
+ R CMD INSTALL AAAA
126
+
127
+ して、
128
+
129
+ library("AAAA")
130
+
131
+ data(A)
132
+
133
+ A
134
+
135
+ printA(A)
136
+
137
+ すると、hogeと表示されたのですが、これでいいんでしょうか・・・？
138
+
139
+ ```
140
+
141
+
142
+
143
+ ```やりたい事＆聞きたい事
144
+
145
+ これをRのコマンドでインストールして使えるようにしたい場合、
146
+
147
+ https://www.slideshare.net/yokkuns/10r
148
+
149
+ ここの15of20を読むと、
150
+
151
+ FTPで、CRANのFTPにtar.gzファイルをアップし、CRANにメールをしろとあるのですが、
152
+
137
- これでいいんでしょうか？エラーはなかった？
153
+ アップした段階で使用はできるんでしょうか？できないのでしょうか？
154
+
155
+ CRANの許可がいるとなったら、審査は厳しそうですよね・・・？
156
+
157
+ 次に、コマンドで使えるようになったらパッケージを自作したいのですが、どのようにしていけば良いのでしょうか・・・？
158
+
159
+ ```

2

追記しましたー。

2021/08/30 12:05

投稿

ques346
ques346

スコア47

test CHANGED
File without changes
test CHANGED
@@ -129,3 +129,9 @@
129
129
  C:\Program Files\R\R-4.1.1\bin
130
130
 
131
131
  のx64を、PATHに追加しているので、これが使用されていると思います。
132
+
133
+
134
+
135
+ なんか、一応AAAA.tar.gzがデスクトップ上にできていたのですが、
136
+
137
+ これでいいんでしょうか？エラーはなかった？

1

進捗したところまで、具体的に書きました。

2021/08/30 06:40

投稿

ques346
ques346

スコア47

test CHANGED
File without changes
test CHANGED
@@ -6,154 +6,126 @@
6
6
 
7
7
  エラーが出てしまいました、またそのエラーの理由が分からず、どこを直せば良いのか分かりません、
8
8
 
9
- フォルダは、デスクトップ内にtestというフォルダを作り、その中にAAAAフォルダを作りました。
10
-
11
- しかし、コマンドプロンプトでR CMD Check AAAAを実行したところ、以下のエラーが出ました。
9
+ 進捗した所まで、具体的に書きました、やってみた事等ももちろん記載しているので、アドバイスお願いします。
12
10
 
13
11
 
14
12
 
15
- 以下がコマンドプロンプトに表示されたエラーです。
16
13
 
17
- C:\Users\user\Desktop\test>R CMD check AAAA
18
14
 
19
- * using log directory 'C:/Users/user/Desktop/test/AAAA.Rcheck'
15
+ Rstudioに入力したコード
20
16
 
21
- * using R version 4.1.0 (2021-05-18)
17
+ setwd("C:/Users/USER/Desktop")
22
18
 
23
- * using platform: x86_64-w64-mingw32 (64-bit)
24
19
 
20
+
21
+ package.skeleton(list=c("A","printA"),name="AAAA")
22
+
23
+
24
+
25
+ 出力されたコード
26
+
27
+ Creating directories ...
28
+
29
+ Creating DESCRIPTION ...
30
+
31
+ Creating NAMESPACE ...
32
+
33
+ Creating Read-and-delete-me ...
34
+
25
- * using session charset: CP932
35
+ Saving functions and data ...
36
+
37
+ Making help files ...
38
+
39
+ Done.
40
+
41
+ Further steps are described in './AAAA/Read-and-delete-me'.
42
+
43
+
44
+
45
+ 作成されたディレクトリ、フォルダ
46
+
47
+ デスクトップ-AAAA-data,man,R,DESCRIPTION,NAMESPACE,Rea-and-delete-me
48
+
49
+
50
+
51
+ DESCRIPTIONの内容を、青字のものに変更。
52
+
53
+
54
+
55
+ NAMESPACEを、exportPattern("^[[:alpha:]]+")に変更。
56
+
57
+
58
+
59
+ Read-and-delete-meを削除。
60
+
61
+
62
+
63
+ AAAA-package.Rdの内容を、青字のものに変更。
64
+
65
+
66
+
67
+ A.Rdの内容を、青字のものに変更。
68
+
69
+
70
+
71
+ printA.Rdの内容を、青字のものに変更。
72
+
73
+
74
+
75
+ コマンドプロンプトに入力したコード
76
+
77
+ cd C:\Users\USER\Desktop
78
+
79
+ R CMD build AAAA
80
+
81
+
82
+
83
+ 出力されたエラー
26
84
 
27
85
  * checking for file 'AAAA/DESCRIPTION' ... OK
28
86
 
29
- * checking extension type ... Package
87
+ * preparing 'AAAA':
30
88
 
31
- * this is package 'AAAA' version '1.0'
89
+ * checking DESCRIPTION meta-information ... OK
32
90
 
33
- * checking package namespace information ... OK
91
+ * checking for LF line-endings in source and make files and shell scripts
34
92
 
35
- * checking package dependencies ... OK
93
+ * checking for empty or unneeded directories
36
94
 
37
- * checking if this is a source package ... OK
95
+ * looking to see if a 'data/datalist' file should be added
38
96
 
39
- * checking if there is a namespace ... OK
97
+ NB: this package now depends on R (>= 3.5.0)
40
98
 
41
- * checking for .dll and .exe files ... OK
99
+ WARNING: Added dependency on R >= 3.5.0 because serialized objects in
42
100
 
43
- * checking for hidden files and directories ... OK
101
+ serialize/load version 3 cannot be read in older versions of R.
44
102
 
45
- * checking for portable file names ... OK
103
+ File(s) containing such objects:
46
104
 
47
- * checking whether package 'AAAA' can be installed ... ERROR
105
+ 'AAAA/data/A.rda'
48
106
 
49
- Installation failed.
50
-
51
- See 'C:/Users/user/Desktop/test/AAAA.Rcheck/00install.out' for details.
107
+ * building 'AAAA_1.0.tar.gz'
52
-
53
- * DONE
54
108
 
55
109
 
56
110
 
57
- Status: 1 ERROR
111
+ buildingとありますが、こんなファイルは作成されていません、
58
112
 
59
- See
113
+ なんか、3.50じゃないから古すぎるとか・・・？
60
114
 
61
- 'C:/Users/user/Desktop/test/AAAA.Rcheck/00check.log'
115
+ 何をどう変えればいいんでしょう、一応最新のRstudioをDLしていると思うのですが・・・。
62
-
63
- for details.
64
116
 
65
117
 
66
118
 
119
+ RStudioについて
120
+
121
+ Version 1.4 1717
122
+
67
- 以下が生成された、AAAA.checkの00checkの中身です
123
+ 2009-2021 RStudio, PBC
68
124
 
69
125
 
70
126
 
71
- * using log directory 'C:/Users/user/Desktop/test/AAAA.Rcheck'
127
+ Rについて
72
128
 
73
- * using R version 4.1.0 (2021-05-18)
129
+ C:\Program Files\R\R-4.1.1\bin
74
130
 
75
- * using platform: x86_64-w64-mingw32 (64-bit)
76
-
77
- * using session charset: CP932
78
-
79
- * checking for file 'AAAA/DESCRIPTION' ... OK
80
-
81
- * checking extension type ... Package
82
-
83
- * this is package 'AAAA' version '1.0'
84
-
85
- * checking package namespace information ... OK
86
-
87
- * checking package dependencies ... OK
88
-
89
- * checking if this is a source package ... OK
90
-
91
- * checking if there is a namespace ... OK
92
-
93
- * checking for .dll and .exe files ... OK
94
-
95
- * checking for hidden files and directories ... OK
96
-
97
- * checking for portable file names ... OK
98
-
99
- * checking whether package 'AAAA' can be installed ... ERROR
100
-
101
- Installation failed.
102
-
103
- See 'C:/Users/user/Desktop/test/AAAA.Rcheck/00install.out' for details.
104
-
105
- * DONE
106
-
107
- Status: 1 ERROR
108
-
109
-
110
-
111
- また、AAAA.checkに一緒に入っていた00intall.outの中身が以下です。
131
+ のx64を、PATHに追加しているので、これが使用されていると思います。
112
-
113
-
114
-
115
- * installing *source* package 'AAAA' ...
116
-
117
- ** using staged installation
118
-
119
- ** R
120
-
121
- ** data
122
-
123
- ** byte-compile and prepare package for lazy loading
124
-
125
- ** help
126
-
127
- *** installing help indices
128
-
129
- ** building package indices
130
-
131
- ** testing if installed package can be loaded from temporary location
132
-
133
- *** arch - i386
134
-
135
- Error: package or namespace load failed for 'AAAA' in namespaceExport(ns, exports):
136
-
137
- 未定義のエクスポートです: A
138
-
139
- エラー: loading failed
140
-
141
- 実行が停止されました
142
-
143
- *** arch - x64
144
-
145
- Error: package or namespace load failed for 'AAAA' in namespaceExport(ns, exports):
146
-
147
- 未定義のエクスポートです: A
148
-
149
- エラー: loading failed
150
-
151
- 実行が停止されました
152
-
153
- ERROR: loading failed for 'i386', 'x64'
154
-
155
- * removing 'C:/Users/user/Desktop/test/AAAA.Rcheck/AAAA'
156
-
157
-
158
-
159
- なんか、AAAAパッケージがないからとかいう事ですが、AAAAはパッケージではないと思いますし・・・どこを変えれば良いのでしょうか。