質問編集履歴
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誤字
test
CHANGED
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File without changes
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test
CHANGED
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@@ -2,7 +2,7 @@
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（6/21コメントをもとに質問を全面的に修正しました）
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+
（6/21コメントをもとに質問を全面的に修正しました）下方のXMLファイル中にある特定の要素、ここではAttributes 内のmaterial のキーワードだけ（soil）を抽出・出力できない。また実際のファイルは、同様の形式で複数のidの情報が数万行で含まれており、idは必ずあるものの、Attributes 内にmaterialの項目がある場合とない場合があります。項目がある場合はそのまま、また、ない場合はスキップするか、あるいはmissingとしてidとともにタブ区切りで出力したいと考えております（以下が最終的に実現したいこと）。
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@@ -20,7 +20,7 @@
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-
以下の通り、Attributesの全てのワードが出てくる状況です。また、その情報をidと
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23
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+
以下の通り、Attributesの全てのワードが出てくる状況です。また、その情報をidと一緒に出力できない。
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誤字
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CHANGED
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File without changes
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test
CHANGED
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@@ -2,7 +2,7 @@
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（
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+
（6/21コメントをもとに質問を全面的に修正しました）XMLファイルが閉じタグがないものをuploadしており、また構造が不正確であったため、全面的に修正しました。XMLファイル中にある特定の要素、Attributes 内のmaterial のキーワードだけ（ここではsoil）を抽出・出力できない。また実際のファイルは、同様の形式で複数のidの情報が数万行で含まれており、idは必ずあるものの、Attributes 内にmaterialの項目がある場合とない場合があります。項目がある場合はそのまま、また、ない場合はスキップするか、あるいはmissingとしてidとともにタブ区切りで出力したいと考えております（以下が最終的に実現したいこと）。
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文章、書式の全面的に改善しました。
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File without changes
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test
CHANGED
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@@ -2,77 +2,25 @@
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https://teratail.com/questions/271498
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+
（追記）XMLファイルが閉じタグがないものをuploadしており、また構造が不正確であったため、全面的に修正しました。XMLファイル中にある特定の要素、Attributes 内のmaterial のキーワードだけ（ここではsoil）を抽出・出力できない。また実際のファイルは、同様の形式で複数のidの情報が数万行で含まれており、idは必ずあるものの、Attributes 内にmaterialの項目がある場合とない場合があります。項目がある場合はそのまま、また、ない場合はスキップするか、あるいはmissingとしてidとともにタブ区切りで出力したいと考えております（以下が最終的に実現したいこと）。
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-
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+
[outputファイル]
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+
SAMD00000001^ soil
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+
SAMD00000002^ missing
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-
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+
SAMD00000003^ water
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-
あるいは
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-
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-
<Id db="BioSample" is_primary="1">SAMN03741962</Id>
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-
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-
の中にある
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-
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-
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+
…と続いていきます。
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-
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-
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-
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27
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-
また、
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-
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-
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-
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-
<Attribute attribute_name="isolation_source" harmonized_name="isolation_source" display_name="isolation source">surface water</Attribute>
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-
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33
|
-
の中にある
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-
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-
「surface water」
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-
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-
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-
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-
のこれら２種のキーワード（SAMN03741962とsurface water）を抽出したいと考えております。属性や子要素の理解が不十分であるからと思いますが、もしよろしければ、コメントいただけましたら幸いです。
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40
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-
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41
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-
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42
18
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43
19
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### 発生している問題・エラーメッセージ
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44
20
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45
21
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46
22
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47
|
-
```
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48
|
-
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49
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-
warning: failed to load external entity "/BioSampleSet/Attribute/@isolation source"
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50
|
-
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51
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-
testbiosample.xml:108: parser error : Opening and ending tag mismatch: Ids line 56 and BioSample
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52
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-
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53
|
-
</BioSample>
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54
|
-
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55
|
-
^
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56
|
-
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57
|
-
testbiosample.xml:160: parser error : Premature end of data in tag BioSample line 109
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58
|
-
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59
|
-
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60
|
-
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61
|
-
^
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62
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-
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63
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-
t
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23
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+
以下の通り、Attributesの全てのワードが出てくる状況です。また、その情報をidとともに出力できない。
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64
|
-
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65
|
-
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66
|
-
|
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67
|
-
^
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68
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-
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69
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-
testbiosample.xml:160: parser error : Premature end of data in tag BioSampleSet line 2
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70
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-
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71
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-
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72
|
-
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73
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-
^
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74
|
-
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75
|
-
```
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76
24
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77
25
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78
26
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@@ -82,234 +30,136 @@
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82
30
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83
31
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```
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84
32
|
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85
|
-
xmllint --xpath
|
|
33
|
+
xmllint --xpath "/BioSample/Ids/Id/text()" testbiosample.xml
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86
34
|
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35
|
+
# 結果、id SAMD00000001 が抽出される
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36
|
+
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87
|
-
xmllint --xpath
|
|
37
|
+
xmllint --xpath "/BioSample/Attributes/Attribute/text()" testbiosample.xml
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38
|
+
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39
|
+
# 結果、以下の通りAttributesの全てのワードが出てくる
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40
|
+
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41
|
+
DOA9
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42
|
+
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43
|
+
grassland
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44
|
+
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45
|
+
N/A
|
|
46
|
+
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47
|
+
grassland
|
|
48
|
+
|
|
49
|
+
Thailand
|
|
50
|
+
|
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51
|
+
N/A
|
|
52
|
+
|
|
53
|
+
soil
|
|
54
|
+
|
|
55
|
+
Genetic diversity of Bradyrhizobium strains isolated from root nodules of Aeschynomene americana
|
|
56
|
+
|
|
57
|
+
22752179
|
|
58
|
+
|
|
59
|
+
2
|
|
60
|
+
|
|
61
|
+
22752179
|
|
62
|
+
|
|
63
|
+
symbiont
|
|
64
|
+
|
|
65
|
+
Aeschynomene americana
|
|
66
|
+
|
|
67
|
+
PRJDB1640
|
|
68
|
+
|
|
69
|
+
BDOA9
|
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88
70
|
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89
71
|
```
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90
72
|
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91
73
|
|
|
92
74
|
|
|
93
|
-
###
|
|
75
|
+
### testbiosample.xml
|
|
76
|
+
|
|
77
|
+
```
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78
|
+
|
|
79
|
+
<BioSample access="public" publication_date="2014-04-07T00:00:00+09:00" last_update="2014-09-25T09:58:01+09:00">
|
|
80
|
+
|
|
81
|
+
<Ids>
|
|
82
|
+
|
|
83
|
+
<Id is_primary="1" namespace="BioSample">SAMD00000001</Id>
|
|
84
|
+
|
|
85
|
+
</Ids>
|
|
86
|
+
|
|
87
|
+
<Description>
|
|
88
|
+
|
|
89
|
+
<SampleName>Bradyrhizobium sp. DOA9</SampleName>
|
|
90
|
+
|
|
91
|
+
<Title>MIGS Cultured Bacterial/Archaeal sample from Bradyrhizobium sp. DOA9</Title>
|
|
92
|
+
|
|
93
|
+
<Organism taxonomy_id="1126627">
|
|
94
|
+
|
|
95
|
+
<OrganismName>Bradyrhizobium sp. DOA9</OrganismName>
|
|
96
|
+
|
|
97
|
+
</Organism>
|
|
98
|
+
|
|
99
|
+
</Description>
|
|
100
|
+
|
|
101
|
+
<Owner>
|
|
102
|
+
|
|
103
|
+
<Name url="-----">Tokyo University of Agriculture and Technology</Name>
|
|
104
|
+
|
|
105
|
+
</Owner>
|
|
106
|
+
|
|
107
|
+
<Models>
|
|
108
|
+
|
|
109
|
+
<Model>MIGS.ba</Model>
|
|
110
|
+
|
|
111
|
+
</Models>
|
|
112
|
+
|
|
113
|
+
<Attributes>
|
|
114
|
+
|
|
115
|
+
<Attribute attribute_name="strain">DOA9</Attribute>
|
|
116
|
+
|
|
117
|
+
<Attribute attribute_name="biome">grassland</Attribute>
|
|
118
|
+
|
|
119
|
+
<Attribute attribute_name="collection_date">N/A</Attribute>
|
|
120
|
+
|
|
121
|
+
<Attribute attribute_name="feature">grassland</Attribute>
|
|
122
|
+
|
|
123
|
+
<Attribute attribute_name="geo_loc_name">Thailand</Attribute>
|
|
124
|
+
|
|
125
|
+
<Attribute attribute_name="lat_lon">N/A</Attribute>
|
|
126
|
+
|
|
127
|
+
<Attribute attribute_name="material">soil</Attribute>
|
|
128
|
+
|
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129
|
+
<Attribute attribute_name="project_name">Genetic diversity of Bradyrhizobium strains isolated from root nodules of Aeschynomene americana</Attribute>
|
|
130
|
+
|
|
131
|
+
<Attribute attribute_name="isol_growth_condt">22752179</Attribute>
|
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132
|
+
|
|
133
|
+
<Attribute attribute_name="num_replicons">2</Attribute>
|
|
134
|
+
|
|
135
|
+
<Attribute attribute_name="ref_biomaterial">22752179</Attribute>
|
|
136
|
+
|
|
137
|
+
<Attribute attribute_name="biotic_relationship">symbiont</Attribute>
|
|
138
|
+
|
|
139
|
+
<Attribute attribute_name="specific_host">Aeschynomene americana</Attribute>
|
|
140
|
+
|
|
141
|
+
<Attribute attribute_name="bioproject_id">PRJDB1640</Attribute>
|
|
142
|
+
|
|
143
|
+
<Attribute attribute_name="locus_tag_prefix">BDOA9</Attribute>
|
|
144
|
+
|
|
145
|
+
</Attributes>
|
|
146
|
+
|
|
147
|
+
<Links>
|
|
148
|
+
|
|
149
|
+
<Link label="pubmed" type="db_xref">22752179</Link>
|
|
150
|
+
|
|
151
|
+
</Links>
|
|
152
|
+
|
|
153
|
+
</BioSample>
|
|
94
154
|
|
|
95
155
|
|
|
96
156
|
|
|
97
|
-
```XML
|
|
98
|
-
|
|
99
|
-
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
|
|
100
|
-
|
|
101
|
-
<BioSampleSet>
|
|
102
|
-
|
|
103
|
-
<BioSample access="public" publication_date="2015-11-08T00:00:00.000" last_update="2019-06-20T17:16:02.371" submission_date="2015-05-28T09:58:39.000" id="3741962" accession="SAMN03741962">
|
|
104
|
-
|
|
105
|
-
<Ids>
|
|
106
|
-
|
|
107
|
-
<Id db="BioSample" is_primary="1">SAMN03741962</Id>
|
|
108
|
-
|
|
109
|
-
<Id db_label="Sample name">BACL4 MAG-120507-bin80</Id>
|
|
110
|
-
|
|
111
|
-
</Ids>
|
|
112
|
-
|
|
113
|
-
<Description>
|
|
114
|
-
|
|
115
|
-
<Title>Microbe sample from OM182 bacterium BACL3 MAG-120507-bin80</Title>
|
|
116
|
-
|
|
117
|
-
<Organism taxonomy_id="1655577" taxonomy_name="OM182 bacterium BACL3 MAG-120507-bin80">
|
|
118
|
-
|
|
119
|
-
<OrganismName>OM182 bacterium BACL3 MAG-120507-bin80</OrganismName>
|
|
120
|
-
|
|
121
|
-
</Organism>
|
|
122
|
-
|
|
123
|
-
<Comment>
|
|
124
|
-
|
|
125
|
-
<Paragraph>Genome assembled from metagenome sample SAMN03351369</Paragraph>
|
|
126
|
-
|
|
127
|
-
</Comment>
|
|
128
|
-
|
|
129
|
-
</Description>
|
|
130
|
-
|
|
131
|
-
<Owner>
|
|
132
|
-
|
|
133
|
-
<Name>Kungliga Tekniska Hogskolan, Science for Life Laboratory</Name>
|
|
134
|
-
|
|
135
|
-
<Contacts>
|
|
136
|
-
|
|
137
|
-
<Contact email="luisa.hugerth@scilifelab.se">
|
|
138
|
-
|
|
139
|
-
<Name>
|
|
140
|
-
|
|
141
|
-
<First>Luisa</First>
|
|
142
|
-
|
|
143
|
-
<Last>Hugerth</Last>
|
|
144
|
-
|
|
145
|
-
<Middle>W</Middle>
|
|
146
|
-
|
|
147
|
-
</Name>
|
|
148
|
-
|
|
149
|
-
</Contact>
|
|
150
|
-
|
|
151
|
-
</Contacts>
|
|
152
|
-
|
|
153
|
-
</Owner>
|
|
154
|
-
|
|
155
|
-
<Models>
|
|
156
|
-
|
|
157
|
-
<Model>Microbe, viral or environmental</Model>
|
|
158
|
-
|
|
159
|
-
</Models>
|
|
160
|
-
|
|
161
|
-
<Package display_name="Microbe; version 1.0">Microbe.1.0</Package>
|
|
162
|
-
|
|
163
|
-
<Attributes>
|
|
164
|
-
|
|
165
|
-
<Attribute attribute_name="strain" harmonized_name="strain" display_name="strain">not applicable</Attribute>
|
|
166
|
-
|
|
167
|
-
<Attribute attribute_name="Salinity (PSU)">6.6</Attribute>
|
|
168
|
-
|
|
169
|
-
<Attribute attribute_name="depth" harmonized_name="depth" display_name="depth">2</Attribute>
|
|
170
|
-
|
|
171
|
-
<Attribute attribute_name="env_biome" harmonized_name="env_broad_scale" display_name="broad-scale environmental context">Brackish water</Attribute>
|
|
172
|
-
|
|
173
|
-
<Attribute attribute_name="collection_date" harmonized_name="collection_date" display_name="collection date">07-May-2012</Attribute>
|
|
174
|
-
|
|
175
|
-
<Attribute attribute_name="temp" harmonized_name="temp" display_name="temperature">5.6</Attribute>
|
|
176
|
-
|
|
177
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<Attribute attribute_name="environmental-sample">TRUE</Attribute>
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<Attribute attribute_name="sample_type" harmonized_name="sample_type" display_name="sample type">Metagenomic Assembly</Attribute>
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<Attribute attribute_name="isolation_source" harmonized_name="isolation_source" display_name="isolation source">surface water</Attribute>
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<Attribute attribute_name="geo_loc_name" harmonized_name="geo_loc_name" display_name="geographic location">Baltic Sea</Attribute>
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<Attribute attribute_name="lat_lon" harmonized_name="lat_lon" display_name="latitude and longitude">56.930850 N 17.060667 E</Attribute>
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<Attribute attribute_name="metagenomic">TRUE</Attribute>
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<Attribute attribute_name="metagenome-source">marine metagenome</Attribute>
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<Attribute attribute_name="isolation-source" harmonized_name="isolation_source" display_name="isolation source">brackish water collected from the surface of the Baltic Sea</Attribute>
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<Attribute attribute_name="isolate" harmonized_name="isolate" display_name="isolate">BACL4 MAG-120507-bin80</Attribute>
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</Attributes>
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<Link target="bioproject" type="entrez" label="PRJNA273799">273799</Link>
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<Status status="live" when="2015-11-08T06:44:46.013"/>
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<Ids>
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<Title>Microbe sample from Actinobacteria bacterium BACL4 MAG-120813-bin39</Title>
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<Organism taxonomy_id="1655578" taxonomy_name="Actinobacteria bacterium BACL4 MAG-120813-bin39">
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<OrganismName>Actinobacteria bacterium BACL4 MAG-120813-bin39</OrganismName>
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</Organism>
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<Comment>
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<Paragraph>Genome assembled from metagenome sample SAMN03351393</Paragraph>
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</Comment>
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</Description>
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<Owner>
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241
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<Name>Kungliga Tekniska Hogskolan, Science for Life Laboratory</Name>
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<Contacts>
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<Contact email="luisa.hugerth@scilifelab.se">
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<Name>
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</Name>
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</Contacts>
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</Owner>
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<Models>
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<Model>Microbe, viral or environmental</Model>
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<Package display_name="Microbe; version 1.0">Microbe.1.0</Package>
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<Attributes>
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<Attribute attribute_name="strain" harmonized_name="strain" display_name="strain">not applicable</Attribute>
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<Attribute attribute_name="Salinity (PSU)">6.2</Attribute>
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<Attribute attribute_name="depth" harmonized_name="depth" display_name="depth">2</Attribute>
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<Attribute attribute_name="env_biome" harmonized_name="env_broad_scale" display_name="broad-scale environmental context">Brackish water</Attribute>
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280
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281
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<Attribute attribute_name="collection_date" harmonized_name="collection_date" display_name="collection date">13-Aug-2012</Attribute>
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282
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283
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-
<Attribute attribute_name="temp" harmonized_name="temp" display_name="temperature">18.2</Attribute>
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<Attribute attribute_name="environmental-sample">TRUE</Attribute>
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287
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-
<Attribute attribute_name="sample_type" harmonized_name="sample_type" display_name="sample type">Metagenomic Assembly</Attribute>
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288
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-
<Attribute attribute_name="isolation_source" harmonized_name="isolation_source" display_name="isolation source">surface water</Attribute>
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291
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-
<Attribute attribute_name="geo_loc_name" harmonized_name="geo_loc_name" display_name="geographic location">Baltic Sea</Attribute>
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292
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293
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-
<Attribute attribute_name="lat_lon" harmonized_name="lat_lon" display_name="latitude and longitude">56.930850 N 17.060667 E</Attribute>
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-
<Attribute attribute_name="metagenomic">TRUE</Attribute>
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-
<Attribute attribute_name="metagenome-source">marine metagenome</Attribute>
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-
<Attribute attribute_name="isolation-source" harmonized_name="isolation_source" display_name="isolation source">brackish water collected from the surface of the Baltic Sea</Attribute>
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301
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-
<Attribute attribute_name="isolate" harmonized_name="isolate" display_name="isolate">BACL4 MAG-120813-bin39</Attribute>
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</Attributes>
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<Link target="bioproject" type="entrez" label="PRJNA273799">273799</Link>
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</Links>
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<Status status="live" when="2015-11-08T06:44:46.060"/>
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</BioSample>
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