解決の方向性を見いだせましたので、ここにご報告いたします。
まずはdodox86さまをはじめ、多くの方々にご教示をいただけたことを感謝申し上げます。
接触型スマートカードは非接触型スマートカードとは異なり、金融やその他業界での独自の仕様などがありオープンにされていない情報も多く、個別に依頼元などに情報を問い合わせるのが一般的です。
しかしながら今回はそのようなかたちの依頼ではなかったのと、開発プラットフォームや環境を最初に皆様に提示しなかったことが混乱の原因であることが判明いたしました。ここに謹んでお詫び申し上げます。
今回の開発の対象となるカードはSun Rayで使用されているスマートカードで、正式にはSchlumberger MicroPayflexのカードだということが分かりました。
このカードについての基本的な情報はISO 7816-1〜4に制定されています。日本ではJIS X 6320として制定されています。また、このタイプのスマートカードにはカード固有のIDが存在するようです。
しかしながら現時点では(まだ規格書を詳細に読めていないので)どこに格納されているのか、どのようにそれを読み出せば良いのかについては未だ解決しておりません(おそらくISO 7816-4とか、JIS X 6320-4, 5、JIS X 6306:1995あたりに書かれているものと現時点では推測しています)。
Java側の対応としては、javax.smartcardioパッケージを使用することによって、カードデータの低水準読み出しは実装できました。このパッケージはJava JDKに標準添付されているものです。
もちろん、実際に動作させるためにはJavaだけではダメで、カードリーダードライバやpcscdもインストールしておく必要があります。また、デバイスにパーミッションを設定するため、udev関連の設定をする必要もあります。このあたりの詳細は割愛させていただきます。
ちなみに上記smartcardioパッケージは、接触型のみならず非接触型カードにも適用可能です。私の開発プラットフォームはLinuxですが、カードリーダーのドライバさえ正常に動けば、ISO 7816に準拠しているカードであれば比較的容易に読み書きできます。実際、私の手元ではACR-1521-NTTComというカードリーダーを使い、FelicaやMifareのカードの読み取り(Mifareは書き込みも含めて)実装ができました。MifareにはカードUID、FelicaにはIDm、PMmなどの固有識別子があることが既に多くのインターネットサイトで紹介されていますが、接触型カードではこれに該当する情報がほぼ皆無でしたのでどうアプローチしたら良いのか、混乱していたというのが正直なところです。
接触型カードにおけるリーダーにはACR-39を使用しました。
技術的な解決方法の提示ではなく方向性の提示にとどまり大変恐縮ではありますが、以上をもって解決とさせていただきたく存じます。
dodox86さまには情報探索の方向性の具体的なご提示やここteratailでの書き方のご教示など、大変ご丁寧にご指導いただきとくに感謝申し上げたく存じます。
ご回答いただきました皆様、本当にありがとうございました。