Juicerでchimeric_sam.awkの実行時にawk: syntax error

Question

実現したいこと

Juicerを使ってHi-Cデータを取り扱いたい

前提

プログラミング初心者です。

Juicerを利用してHi-Cのコンタクトマップを作ろうとしています。
インストールは完了し、現在はgithubで配布されているテストデータのMiSeq GM12878 in-situ ファイルを使っています。
実行したところ、alignmentは成功したようなのですが、その後のscripts/common/chimeric_sam.awkの実行でエラーが発生してしまったようです。

発生している問題・エラーメッセージ

(-:  Align of /usr/myJuicerDir/work/splits/HIC003_S2_L001_001.fastq.sam done successfully
awk: syntax error at source line 164 source file /usr/myJuicerDir/scripts/common/chimeric_sam.awk
 context is
		      >>>  chromosomes[$1][ <<< i-2]=$i;
awk: illegal statement at source line 164 source file /usr/myJuicerDir/scripts/common/chimeric_sam.awk
[W::hts_set_opt] Cannot change block size for this format
samtools sort: failed to read header from "-"
***! Failure during chimera handling of /usr/myJuicerDir/work/splits/HIC003_S2_L001_001.fastq

試したこと

awk, gawk, GNU Coreutilsのインストールの確認

補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

M1 Macを使用しています

追記
日本語サイトで juicerを取り扱っているwebページや質問が少ないため、biostarsでも同様の質問をしています
https://www.biostars.org/p/9561122/
ご指摘がありましたので追記させていただきました

Comments

[melian]

> chromosomes[$1][ <<< i-2]=$i;

GNU awk では、(おそらく) 4.1.0 以降で2次元配列の表記に chromosomes[i][j] 形式も使うことが可能になっています。GNU awk 以外の awk (nawk や mawk)、GNU awk 4.1.0 よりも前のバージョンでは chromosomes[i,j] 形式なので(実際には連想配列ですが)、chimeric_sam.awk ファイルの1行目の shebang を書き換えるとよいかと思います。

#!/usr/bin/awk -f
=> GNU awk コマンドの絶対パスに置き換える
#!/path/to/GNU_awk_command -f

[退会済みユーザー]

ありがとうございます。

早速shebang行を編集して実行してみたのですが、同様のエラーが発生してしまいました。
awkのバージョンを確認したところ、

~$ awk -V
GNU Awk 5.2.1, API 3.2, (GNU MPFR 4.2.0, GNU MP 6.2.1)
Copyright (C) 1989, 1991-2022 Free Software Foundation.

のように表示されました。

[jbpb0]

https://www.biostars.org/p/9561122/
の質問をしてるのは、質問者さんでしょうか？

[退会済みユーザー]

そうです

[jbpb0]

https://teratail.com/help#posted-otherservice
を見てください

[退会済みユーザー]

こちらの確認不足により存じ上げていませんでした
ご指摘ありがとうございます
対処させていただきます

Answer 1

githubでソースを見てみましたが、

awk -v stem=${name}${ext}_norm -f $juiceDir/scripts/chimeric_sam.awk $name$ext.sam > $name$ext.sam2 

大本のシェルスクリプトからは、こんな感じで当該awkスクリプトを呼び出しているので、問題がawkのバージョン違いによって発生しているとすれば、いくらこのawkスクリプトのシェバングを書き換えても無駄です。
pathを変更して、GNU awkを優先的に使うように設定してからシェルスクリプトを実行してみましょう。

あと蛇足ながら、

ここを見ている人はバイオの人達ではありません。コンタクトマップがどうのアライメントがどうのと専門用語をくどくど書いていたら、本題に行く付く前にみんな離脱してしまいます。awkの問題解決が目的なのだからawkのことだけ説明しましょう。