PaaS環境でのOSコマンドの扱いについて

Question

PaaSの実行環境について教えて下さい。

BluemixのPaaS環境で、LineのMessaging APIを使ったチャットボットを作成しています。
Messaging APIで音声ファイルを送信するためにはm4a形式である必要があるのですが、WatsonのText to speechで作成される音声ファイルはm4aで出力できないため、
(Text to Speech) → *.wav → （xxx） → *.m4a → (Line Messaging API)
というような流れで処理しようと思っています。

アプリはPythonで作成しており、FFmpegのPythonラッパー？であるffmpyを(xxx)にはめて使用しようとしましたが、うまく動作していないようです。

そこで、質問なのですが、
BluemixのようなPaaSの環境で、OSに依存したコマンドを実行するにはどうすればよいのでしょうか？