あるはずの「csvファイルが存在しない」とエラーが出る。

Question

実現したいこと

①githubからcloneしたディレクトリに、R言語のコードファイルを追加する。(完了)
②cloneしたディレクトリに既に存在するcsvファイルを使用して、①のR言語を実行。(エラーが出る)

前提

R言語で、csvファイルを使用してcsvファイルの中で一番重い体重、一番高い身長をoutputしたいです。
ファイルは存在するのですが、どうしても実装すると以下のエラーが発生してしまいます。
ディレクトリの中にexampleというファイルがあり、その中に、input1.csv,input2.csv,input3.csv,output1.csv,output2.csv,output3.csvのファイルがあります。

発生している問題・エラーメッセージ

エラー: input1.csv doesn't exit
 実行が停止されました 

該当のソースコード

# Simple example of extracting input args
args = commandArgs(trailingOnly=TRUE)
if (length(args)==0) {
  stop("USAGE: Rscript practice.R --input input1.csv --output output1.csv", call.=FALSE)
}

# get input&output path
f_in <- NA
f_out <- NA

#parse input & output
for (i in args){
  if(i=='--input'){
    f_in <- args[which(args==i)+1]
  }
  if(i=='--output'){
    f_out <- args[which(args==i)+1]
  }
}

#check whether there is input or output
if (is.na(f_in)){
  stop("Unable to identify input file, please use --input input.csv", call.=FALSE)
}

if (is.na(f_out)) {
  # Generate output file name
  f_out <- gsub(".csv", "_output.csv", f_in)
  message("Output file name not provided, generated output file name: ", f_out)
}

if (!file.exists(f_in)) {
  stop((sprintf("%s doesn't exit", f_in)), call.=FALSE)
}

message("input file = ", f_in)
message("output file = ", f_out)

# read data & check columns
df <- read.csv(f_in)
if(!any(match(names(df),"weight"))) {
  stop("Input data does not contain a 'weight' column.", call.=FALSE)
}

print(f_in)

試したこと

ファイル名を書き間違えているのかと思い確認しましたが、打ち間違えはしていないかと思います。
もし、コード自体が間違っている場合があれば、ご指摘しただける助かります。

補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

以下はこの問題の説明文です。

Description

• Your R code should output and round the set name with maximum value of weight and height.
• You should implement the command parser by yourself without using any library.

cmd

Rscript practice.R --input input1.csv --output output1.csv

Rscript practice.R --output output1.csv --input input1.csv

Read an input file

Input data will have other numeric & category columns besides weight and height.

examples: input1.csv

persons	weight	height	gender
person1	92.24459	182.0007	F
person2	79.88506	199.0311	F
person3	65.59031	180.8477	F
…	…	…	…
person25	80.16016	196.6961	M
person26	87.0112	174.8087	F

Output a summary file

Please follow the same format of the output1.csv, i.e., round number into two digitals

examples: output1.csv

set	weight	height
input1	99.76	199.03

Code for reference

# Simple example of extracting input args
args = commandArgs(trailingOnly=TRUE)
if (length(args)==0) {
  stop("USAGE: Rscript hw1_exam.R input", call.=FALSE)
} else if (length(args)==1) {
  i_f <- args[1] 
}
print(i_f)

Score

10 testing data (90%)

Rscript hw1_5566.R --input hw1/data/test.1.csv --output hw1/eval/test1/hw1_001.csv
Rscript hw1_5566.R --output hw1/eval/test2/hw1_002.csv --input hw1/data/test.2.csv

Correct answer gets 9 points of each testing data.

Bonus (10%)

• Output format without “: 3 points
• Concise file name without path: 3 points
• Concise file name without .csv extension: 4 points

Penalty: -2 points of each problem

• Can not detect missing --input/--ouptut flag
• Arguments order cannot change
• Wrong file name
• Wrong column name
• Not round number to 2 digitals

Note

• Please use R version above 4
• Please do not set working directory(setwd) in a fixed folder. For example,

d <- read.csv("D://DataScience/hw1/example/output1.csv")

先生に質問禁止で、聞ける友達がいません。
厳しいご指摘をいただくことは承知の上での質問です。どうかご教授よろしくお願いします。

Comments

[melian]

> ディレクトリの中にexampleというファイルがあり、その中に

とのことですので、

Rscript practice.R --input example/input1.csv --output example/output1.csv

とするのではないでしょうか。

[xebme]

https://stackoverflow.com/questions/23819938/how-to-get-current-working-directory-in-r

Answer 1

melianさんのおっしゃる通り、Rscript practice.R --input example/input1.csv --output example/output1.csv

としたら、できました。
コメントしてくださったmelianさんとxebmeさんにグットボタンとベストアンサーにすることがなぜかできないので自己解決にしました。泣