結論から言いますと(質問の様な汎用的)には出来ません。
java のクラスファイルやそれをコンパイルした java ファイルが置かれる場所と、現在いるフォルダは別の物になるからです。
何を言っているのかというと、java はコンパイルされて class ファイルを生成しそれを実行しますが、class ファイルは jar の中に格納される事もありますし、java コマンドで実行する際に CLASSPATH で相対的に読み込まれる事があるからです。
$ cd /Test/aa/bb/cc/
$ javac test.java
$ cd /path/to/全然/関係ない/フォルダ
$ java -cp /Test/aa/bb/cc test
この様にぜんぜん関係ないフォルダから /Test/aa/bb/cc/test.java からコンパイルされた class ファイルを実行する事も出来ます。
java では出来ませんが例えば以下の様なシェルスクリプトを置けるなら実現可能です。
#!/bin/bash
set -e
DIR=$(cd $(dirname $0);cd ..;pwd)
cd $DIR
# あらかじめ test.java から test.class は生成されているとする
java test
※このスクリプトを xlsx ファイルと同じ場所に置いて実行します。
new FileInputStream("【ここに入力する値です】");
に渡す値は、既にそのファイルが置かれているフォルダにいるのでファイル名だけで ok です。