Visual Studio2015にVerUPの際、ウェブサーバ拡張子asmxでリソース解析エラー

OS:WIN7 pro
.net framework4.6.1
IIS:6.0

Visual Studioのディレクトリ構成
ソリューション
→～Serever(Aプロジェクト)
→～(Bプロジェクト)

localhost:～server/～.asmx に接続したところ以下画面表示

パーサーエラー
説明: この要求の処理に必要なリソースの解析中にエラーが発生しました。以下の解析エラーの詳細を確認し、ソースファイルに変更を加えてください。

パーサーエラーメッセージ: 型 '～Server.～' を作成できませんでした。

ソースエラー:

行 1: <%@ WebService Language="vb" CodeBehind="～.asmx.vb" Class="～Server.～" %>

ソースファイル: /～server/～.asmx 行: 1

バージョン情報: Microsoft .NET Framework バージョン:4.0.30319; ASP.NET バージョン:4.6.1098.0

～Serverの物理パスは作ったプロジェクトを指定しています。
32bitもtrueに変えています。

IIS再起動も行いました。
アプリケーションプールを.Net Frameework4.6.1をプルダウンで選択しAppPoolも4.0を選択しています。物理パスも今回のslnがあった箇所の～serverを指定していることを確認し、IISの再起動も行いました。

ただ一点気になる箇所がありまして、
C:\inetpub\wwwrootの中身を某かの原因で消してしまっていたことです。
昔からあったプロジェクトでよくわかっておらず、
～ServerというAとクライアントいわゆるボタンなどがあるBのプロジェクトがありまして、BのwindowsフォームアプリのボタンによってServerに接続してデータのやりとりをやる仕様です。

エラー文言をみると作成できませんでした。とあり、内部ではどのような動きをしているのでしょうか。
Visual Studioでソリューションに接続した際に、自動的にIISのserverとして実際に用意してある～Serverの物理パスが指定されて、そこのプログラムを見ていく処理になり、C:\inetpub\wwwroot配下に実際にみるプログラムがコピーされる？ことなのでしょうか。

プログラムやディレクトリがどのような順番で処理されているのか曖昧な状態です。エラー表示解消と合わせてアドバイス頂けないでしょうか。よろしくお願いいたします。