何をもって「等しい」とするかで変わります。
XMLファイルそのものがバイナリレベルで等しい、ならばファイルの比較ですし(サイズ、日時、内容)、XMLで表現されている内容が等しいかどうかならXMLを解析してやる必要が出てきます。その解析にしても、データの並び順を考慮するかしないかでまた変わります。
XML
1<xml>
2 <product>
3 <unit>A</unit>
4 <unit>B</unit>
5 </product>
6</xml>
XML
1<xml>
2 <product>
3 <unit>B</unit>
4 <unit>A</unit>
5 </product>
6</xml>
上記の二つの XML は unit の並び順が異なるだけですが、これを同じとみなすのか違うとみなすのか、ということです。(出現順に意味があるかどうか、はXMLを解釈する側の問題なので、一意に決められません)