に説明のある通り、
{custom_field_key}: (string) Any other column labels used as custom field
cfs_{field_name}: (string) If you would like to import data to custom fields set by Custom Field Suite, please add prefix cfs_ to column header name.
scf_{field_name}: (string) If you would like to import data to custom fields set by Smart Custom Fields, please add prefix scf_ to column header name.
{custom_field_key}: (文字列) その他のカラムのラベルはすべてカスタムフィールドとして扱われます。
cfs_{field_name}: (文字列) Custom Field Suiteプラグインで設定されたカスタムフィールドにインポートしたい場合は、接頭辞 cfs_ を追加してください。
なんじゃないでしょうか。
つまりCSVの列名に任意のカスタムフィールド名を入れ、各行でそこに値を書けばいいのではないでしょうか。