JavaScriptで無効にすることができます。
document.styleSheetsで読み込んでいるcssファイル一覧を取得できますし、
disabledプロパティをtrueにすることで無効化も可能です。
cssがいくつ読み込まれてるかわからないという前提で以下のようなコードではいかがでしょうか。
JavaScript
1<script>
2window.onload = function()
3{
4 var disableFileName = "aaa.css"; // 無効にするcssのファイル名
5 for(var i = 0; i < document.styleSheets.length; i++) {
6 // ファイルパス(フルパス)
7 var styleSheetPath = document.styleSheets[i].href;
8 // フルパスからファイル名を抽出
9 var fileName = styleSheetPath.substring(styleSheetPath.lastIndexOf('/')+1, styleSheetPath.length);
10 if (fileName === disableFileName) {
11 // 無効にするファイル名なので無効にする
12 document.styleSheets[i].disabled = true;
13 }
14 }
15};
16</script>
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