Dockerでphp.iniを書き換える

Apache+php（とmysqlコンテナーをつなぐ）のimageで使ってるのを貼っておきます
内容確認してみてください
Dockerfileと同じ場所にapache2.confとphp.iniを用意しています

FROM php:7.1-apache                                                                                                                                                                                          
RUN a2enmod rewrite                                                             
RUN apt-get update \                                                            
  && apt-get install -y libfreetype6-dev libjpeg62-turbo-dev libpng12-dev libjpeg-dev libmcrypt-dev \
  && docker-php-ext-install pdo_mysql mysqli mbstring iconv mcrypt \            
  && docker-php-ext-configure gd --with-freetype-dir=/usr/include/ --with-jpeg-dir=/usr/include/ \
  && docker-php-ext-install -j$(nproc) gd                                       
COPY apache2.conf /etc/apache2/                                                 
COPY php.ini /usr/local/etc/php/                                                
RUN usermod -u 1000 www-data && groupmod -g 1000 www-data

もしくは、php.iniをsedコマンドで書き換えるよう、Dockerfileに書くのもありです

開発用であれば、最近はphp.iniは、ローカル側にマウントして書き換えたりしてます
手元にphp.iniを用意して

$ docker run -v php.ini:/usr/local/etc/php/php.ini php:7.1-apache

とかしてあげると、手元のphp.iniがコンテナ内で参照されるので、
Dockerfile内でphp.iniを含める必要ないです

正規表現でいちいち変えるのも手間だと思うので、最終系のphp.iniを保存して、そのファイルに置き換えるって感じでしょうか…？

php のバージョンが変わって、行がずれたときとかのことを考えて、patch コマンドを使うというのが良いかもしれません。

しかし、Dockerfile だと所詮 RUN コマンドでシェル起動になってしまいます。もう少し、高レベルなプロビジョニング（OSにいろいろなものをインストールしたり設定したりすること）言語を使うというのが別案になります。たとえば、 ansible などを使えば、パッチをあてる、データベースを設定するなど、高レベルで書けるので、可読性や汎用性が向上すると思います。ansible の playbook は Docker コンテナ以外のVPSや仮想化サーバに利用できますが、Dockerfile では Docker コンテナしか作れません。

参考：Ansibleで楽々！Dockerコンテナを構築をしよう
Ansible でインストール (php 5.6)

自分はインストールされるバージョンのphp.iniを書き換えたもので置き換える方法を取っています。

Dockerfile内では以下のような感じです。

COPY my-php.ini /etc/php.ini