値が同じ項目を探すループと出力するループの2つは必要だと思います。コードは適当ですが、考え方の参考になれば。

// $arrData = 元データ;
$tmpArray = [];
$checkData = [ 'a' => false, 'b' => false, 'c' => false ]; // 行フラグ保存用
$countData = [ 'a' => [ '', 0 ], 'b' => [ '', 0 ], 'c' => [ '', 0 ] ]; // 「何個同じ項目があるか」を数える用

// 逆順にする
$reversedArray = array_reverse( $arrData );

// データを数えながら作成する
foreach( $reversedArray as $data ) {
    $tmp = [];
    $a_text = '';
    $a_count = $countData[ 'a' ][ 1 ];
    if ( isset( $data[ 'a' ] ) ) {
        $a_text = $data[ 'a' ];
        if ( $countData[ 'a' ][ 0 ] === $a_text ) {
            $a_count += 1;
        } else {
            $a_count = 0;
        }
        $checkData[ 'a' ] = true; // 1個でも入っていたら行を表示
    }
    $countData[ 'a' ][ 0 ] = $a_text;
    $countData[ 'a' ][ 1 ] = $a_count;
    $tmp[ 'a' ] = [ $a_text, $a_count ]; // [ 値, 同じ値のカウント ]
    /*
    略
    */
    $tmpArray[] = $tmp;
}

echo '<table>';
array_reduce(
      array_reverse( $tmpArray ) // 戻す
    , function ( $carry, $key ) use ( $checkData ) {
          echo '<tr>';
          // 行にデータがあって、前の行のa_countが「0」のものを出力する
          if ( $checkData[ 'a' ] && $carry[ 'a' ] === 0 ) {
              $tmp = '<td';
              if ( $key[ 'a' ][ 1 ] > 0 ) {
                  $tmp .= ' rowspan="'.( $key[ 'a' ][ 1 ] + 1 ).'"';
              }
              echo $tmp.'>'.$key[ 'a' ][ 0 ].'</td>';
          }
          /*
          略
          */
          echo '</tr>';
          $carry[ 'a' ] = $key[ 'a' ][ 1 ];
          return $carry;
      }
    , [ 'a' => 0, 'b' => 0, 'c' => 0 ]
);
echo '</table>';
// 未テスト

【PHP: array_reverse - Manual】
http://php.net/manual/ja/function.array-reverse.php

【PHP: array_reduce - Manual】
http://php.net/manual/ja/function.array-reduce.php

kei344さんのarray_reverseを使うという発想が目から鱗だったので、練習がてらしてみました。

$arrData = [["c"=>"分類1","v"=>"値1"],["c"=>"分類1","v"=>"値2"],["c"=>"分類2","v"=>"値3"]];
$reversedArray = array_reverse( $arrData );

$beforeCategory=null;
$rowspan=1;

$tmp="";
foreach($reversedArray as $data){
  if($beforeCategory!=null){
    if(strcmp($beforeCategory, $data['c'])!=0){
      $tmp = "<tr>".($rowspan>1 ? "<td rowspan=\"".$rowspan."\">" : "<td>").$beforeCategory."</td>".$beforeLine."</tr>\n".$tmp;
      $rowspan=1;
    }else{
      $tmp = "<tr>".$beforeLine."</tr>\n".$tmp;
      $rowspan++;
    }
  }
  $beforeCategory = $data['c'];
  $beforeLine ="<td>".$data['v']."</td>";
}
$tmp = "<tr>".($rowspan>1 ? "<td rowspan=\"".$rowspan."\">" : "<td>").$beforeCategory."</td>".$beforeLine."</tr>\n".$tmp;

echo "<table>\n";
echo $tmp;
echo "</table>";

また、縦一列全ての欄が空白の場合は、その列ごと表示しないようにしたいです。（下記ソースの「備考」列を消す） 

これに関しては「全てのデータを確認せずに全てのデータで空欄かどうかを判別する」というのがそもそも無理な話なので、結局確認用と出力用で2回ループを回すのが一番スマートな方法だと思います。
（データ取得時にSELECT句で副問い合わせなどして強引に何とかする手があるかもしれませんが・・・）