サーバー上でvimを使用しファイルを開くとファイルの書き込みを行えない。

いつもお世話になっております。
サーバー上でvimを使用しファイルを開くとファイルの書き込みを行えなくて困っています。
強制上書き(:w!)であれば問題なく書き込みが出来るのですが、この状態で使い続けるのは困るのでなんとかしたいと考えています。

ファイルはRootで編集しているので権限の問題ではないかと思います。
また下記の設定ファイルを書き込んでから、上記のような挙動になったので設定ファイルに問題があるのではないかと思います。
下記の設定ファイルに怪しい部分などがあればご指摘頂けないでしょうか？

" dein settings {{{
" dein自体の自動インストール
let s:cache_home = empty($XDG_CACHE_HOME) ? expand('~/.vim') : $XDG_CACHE_HOME
let s:dein_dir = s:cache_home . '/dein'
let s:dein_repo_dir = s:dein_dir . '/repos/github.com/Shougo/dein.vim'
if !isdirectory(s:dein_repo_dir)
  call system('git clone https://github.com/Shougo/dein.vim ' . shellescape(s:dein_repo_dir))
endif
let &runtimepath = s:dein_repo_dir .",". &runtimepath
" プラグイン読み込み＆キャッシュ作成
let s:toml_file = fnamemodify(expand('<sfile>'), ':h').'/.dein.toml'
if dein#load_state(s:dein_dir)
  call dein#begin(s:dein_dir, [$MYVIMRC, s:toml_file])
  call dein#load_toml(s:toml_file)
  call dein#end()
  call dein#save_state()
endif
" 不足プラグインの自動インストール
if has('vim_starting') && dein#check_install()
  call dein#install()
endif
" }}}

"-----------------------------------------------------------------------
"Qfixhowm キーマップリーダー
"-----------------------------------------------------------------------
let QFixHowm_Key = 'g'

" howm_dirはファイルを保存したいディレクトリを設定
let howm_dir             = '~/Documents/memo'
let howm_filename        = '%Y/%m/%Y-%m-%d-%H%M%S.txt'
let howm_fileencoding    = 'utf-8'
let howm_fileformat      = 'unix'

" 個人的には以下を追加設定しておくのをおすすめします。
" キーコードやマッピングされたキー列が完了するのを待つ時間(ミリ秒)
set timeout timeoutlen=3000 ttimeoutlen=100
" プレビューや絞り込みをQuickFix/ロケーションリストの両方で有効化(デフォルト:2)
let QFixWin_EnableMode = 1

"-----------------------------------------------------------------------
"複数カーソル
"-----------------------------------------------------------------------
nnoremap <C-e> :MultipleCursorsFind

"-----------------------------------------------------------------------
" quickrun.vim
"-----------------------------------------------------------------------
nnoremap qr :QuickRun<CR>
" <C-c> で実行を強制終了させる
" quickrun.vim が実行していない場合には <C-c> を呼び出す
nnoremap <expr><silent> <C-c> quickrun#is_running() ? quickrun#sweep_sessions() : "\<C-c>"
let g:quickrun_config = {
\   "_" : {
\       "runner" : "vimproc",
\       "runner/vimproc/updatetime" : 60,
\             "outputter/error/success" : "buffer",
\           "outputter/buffer/split" : ":botright 8sp",
\            "outputter/buffer/running_mark" : "ﾊﾞﾝ（∩`･ω･）ﾊﾞﾝﾊﾞﾝﾊﾞﾝﾊﾞﾝﾞﾝ",
\                "hook/time/enable" : 1,
\   },
\}


"-----------------------------------------------------------------------
" NERDTreeを起動
"-----------------------------------------------------------------------
let file_name = expand('%')
if has('vim_starting') &&  file_name == ''
  autocmd VimEnter * NERDTree ./
endif
" サイドバー表示/非表示
" nnoremap kb :NERDTreeToggle<CR>
"横幅
let g:NERDTreeWinSize = 20


" クリップボード有効化
set clipboard+=unnamed
set clipboard+=autoselect

set vb t_vb= "音を出さないようにする

" 行番号表示
set number
syntax on

" オートセーブ オン
let g:auto_save = 1
let g:auto_save_in_insert_mode = 0
let g:auto_save_silent = 1

" アンドゥの永久化
set undodir=~/vim/undo
set backupdir=~/vim/backup
set undofile

"折り返し
set wrap
set linebreak
set breakindent

"インデント
set shiftwidth=22


" vimを立ち上げたときに、自動的にvim-indent-guidesをオンにする
" let g:indent_guides_enable_on_vim_startup = 1
set list listchars=tab:\¦\

"-----------------------------------------------------------------------
" インデント関係
"-----------------------------------------------------------------------
" 改行時に前の行のインデントを継続する
set autoindent
" 改行時に入力された行の末尾に合わせて次の行のインデントを増減する
set smartindent
" タブ文字の表示幅
set tabstop=1
" Vimが挿入するインデントの幅
set shiftwidth=1
" 行頭の余白内で Tab を打ち込むと、'shiftwidth' の数だけインデントする
set smarttab

"-----------------------------------------------------------------------
" vimgrep
"-----------------------------------------------------------------------
nnoremap [q :cprevious<CR>   " 前へ
nnoremap ]q :cnext<CR>       " 次へ
nnoremap [Q :<C-u>cfirst<CR> " 最初へ
nnoremap ]Q :<C-u>clast<CR>  " 最後へ


" Anywhere SID.
function! s:SID_PREFIX()
  return matchstr(expand('<sfile>'), '<SNR>\d\+_\zeSID_PREFIX$')
endfunction

" Set tabline.
function! s:my_tabline()  "{{{
  let s = ''
  for i in range(1, tabpagenr('$'))
    let bufnrs = tabpagebuflist(i)
    let bufnr = bufnrs[tabpagewinnr(i) - 1]  " first window, first appears
    let no = i  " display 0-origin tabpagenr.
    let mod = getbufvar(bufnr, '&modified') ? '!' : ' '
    let title = fnamemodify(bufname(bufnr), ':t')
    let title = '[' . title . ']'
    let s .= '%'.i.'T'
    let s .= '%#' . (i == tabpagenr() ? 'TabLineSel' : 'TabLine') . '#'
    let s .= no . ':' . title
    let s .= mod
    let s .= '%#TabLineFill# '
  endfor
  let s .= '%#TabLineFill#%T%=%#TabLine#'
  return s
endfunction "}}}
let &tabline = '%!'. s:SID_PREFIX() . 'my_tabline()'
set showtabline=2 " 常にタブラインを表示

" The prefix key.
nnoremap    [Tag]   <Nop>
nmap    t [Tag]
" Tab jump
for n in range(1, 9)
  execute 'nnoremap <silent> [Tag]'.n  ':<C-u>tabnext'.n.'<CR>'
endfor
" t1 で1番左のタブ、t2 で1番左から2番目のタブにジャンプ

map <silent> [Tag]c :tablast <bar> tabnew<CR>
" tc 新しいタブを一番右に作る
map <silent> [Tag]x :tabclose<CR>
" tx タブを閉じる
map <silent> [Tag]n :tabnext<CR>
" tn 次のタブ
map <silent> [Tag]p :tabprevious<CR>
" tp 前のタブ


if has('mac')
  if has('gui_running')
    let IM_CtrlMode = 4
  else
    let IM_CtrlMode = 1

    function! IMCtrl(cmd)
      let cmd = a:cmd
      if cmd == 'On'
        let res = system('osascript -e "tell application \"System Events\" to keystroke (key code {104})" > /dev/null 2>&1')
      elseif cmd == 'Off'
        let res = system('osascript -e "tell application \"System Events\" to keystroke (key code {102})" > /dev/null 2>&1')
      elseif cmd == 'Toggle'
        let res = system('osascript -e "tell application \"System Events\" to keystroke (key code {55, 49})" > /dev/null 2>&1')
      endif
      return ''
    endfunction
  endif

  " 「日本語入力固定モード」のMacVimKaoriya対策を無効化
  let IM_CtrlMacVimKaoriya = 0
  " ctrl+jで日本語入力固定モードをOnOff
  inoremap <silent> <C-j> <C-^><C-r>=IMState('FixMode')<CR>
endif

"Rubyのファイルを開いたら自動でファイルタイプの設定
au BufNewFile,BufRead *.rb set filetype=ruby
"-----------------------------------------------------------------------
" CentOS
"-----------------------------------------------------------------------
set backspace=indent,eol,start