ファイルの中にファイルを「インクルードする」ことはできないと思いますよ。
PHPをコンパイルするときに以下のオプションを使ってみてはどうでしょうか。
--with-config-file-scan-dir=PATH
configureで "--with-config-file-scan-dir" を追加すれば、php.ini を読んだ後にそのディレクトリ以下の*.ini ファイルを読むようになります。
例えば、yumでinstallされるphpは"--with-config-file-scan-dir=/etc/php.d/" で設定されています。
このディレクトリに「任意の名前.ini」のようにファイルを作成すれば、読み込まれるようになりますよ。
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