Javascriptでmeta情報を書き換えた場合の効果

Googleのクローラーの場合ですが、robots.txtなどでJavascriptやCSSファイルのクロールを拒否していない限り、主要なブラウザと同じようにウェブページをレンダリングして、理解することが可能なようです。

参考: Google ウェブマスター向け公式ブログ: ウェブページをより深く理解するようになりました

 Google ウェブマスター向けガイドライン

Googleのガイドラインによれば、「Google インデックス登録システムは、画像、CSS、JavaScript ファイルを含めて、ユーザーが実際に閲覧する場合と同じようにウェブページをレンダリングします。」とあります。
しかしながら、<meta name="description"> はブラウザのレンダリングに影響を与えないタグであり、JavaScript による変更を Google bot が認識するかは未知数だと思われます。

• ウェブマスター向けガイドライン（品質に関するガイドライン） - Search Console ヘルプ

 結論

結論としては、「実際に検証する」のが確実です。
最も、他の検索エンジンではJavaScriptを解釈できないものもあると思いますし、PHPで出力するmeta要素を書き換えるのが現実的だと思います。

Re: aya_take1017さん

google search console の Fetch as Google で レンダリング結果を見てみてはいかがでしょうか。

スパイダーは日々進歩しておりアルゴリズムは毎日のように変化しています。

もしも、スパイダーがjsを正しくレンダリング出来なくても将来的には出来るようになっていたりすることも予想されます。

jsは、ソース上での読み込み位置を意識してみると良いと思います。
ユーザーが見るものとスパイダーが見るものはほぼ違いはなく概ね理解されていますが、読み込み等タイミングで認識が上手くされないケースが多いです。

metaなどを都度可変させたい場合は、サーバーサイドでの動きを意識してあげたいのでPHPなどの方が不備がないと思います。