javaでのTCP/IP通信について

上記のソースを一部変更したサンプルを作ってみました。私の環境(mac)では特に問題なく動作しました。
参考までにどうぞ

//サーバープログラム
import java.net.*;
import java.util.*;
import java.io.*;
class Server{

  public static void main(String[] args) throws IOException{
     ServerSocket ss = new ServerSocket(8080);

     for(;;){
     connect(ss);
    }

  }
  private static void connect(ServerSocket ss) throws IOException{
        //logger.info("Connection開始");
        //ここでとまって接続待ち状態になります
        Socket s = ss.accept();
        InputStream is = s.getInputStream();
        DataInputStream input = new DataInputStream(is);
        byte[] msg = new byte[12];
        input.read(msg, 0, 12);

        //受信メッセージ内容確認
        System.out.println("受信メッセージ内容：");
        System.out.println( new String(msg, "UTF-8"));
        for(int i = 0; i< msg.length; i++){
            System.out.print(Integer.toHexString(msg[i] & 0xff) + " ");
        }
        System.out.println();

        //受信メッセージの長さだけチェック
        if(msg.length == 12){
          //メッセージを受信した場合の処理です
          //  response(Integer.parseInt(conf.getProperty("trans_response")), msg);
        } else{
            //logger.warning("受信データエラー");
            System.exit(1);
        }
        s.close();//使い終わったソケットは閉じる

        //logger.info("Connection終了");
    }
}

//クライアントプログラム
import java.net.*;
import java.util.*;
import java.io.*;
class client{

  public static void main(String[] args) throws IOException{
      String server = "localhost";
      int port =8080; // サーバー側のポート番号
      SocketAddress endpoint= new InetSocketAddress(server, port);
      Socket s = new Socket();
      s.connect(endpoint, 2000);

      // サーバーに数値を送信
      OutputStream os = s.getOutputStream();
      DataOutputStream dos = new DataOutputStream(os);
      dos.writeBytes("hello world");

  }

}

サーバー側はちゃんと動いてるんでしょうか。
Connection refused というエラーはサーバーが動いていない（LISTENしていない）時のエラーです（他の場合もあるかもしれませんが）。
netstat で所定のポートでLISTENしているか確認してみてください。

質問者さんのプログラムをこちらで直接実行できなかったので作りました。
こちらの環境では動作するので、動作確認用にどうぞ。

クライアント側

import java.net.*;

class Client{
    public static void main(String... args){
        try{
            InetAddress ia = InetAddress.getAllByName("localhost")[0];
            Socket s = new Socket(ia, 8080); // 接続待機
            System.out.println("OK!!!:" + s.getRemoteSocketAddress()); // 接続成功
            s.close();
        }catch(Exception e){
            System.out.println("NG!!!"); // 接続失敗
            System.out.println(e);
        }
    }
}

サーバー側

import java.net.*;
import java.io.*;

class Server{
    public static void main(String... args) throws IOException {
        ServerSocket ss = new ServerSocket(8080);
        while(true){
            Socket s = ss.accept();
            System.out.println(s.getRemoteSocketAddress());
            s.close();
        }
    }
}

これで動作しなければ環境の問題ですし、動作したらプログラムの方をどうにかしなければなりません。
規模の小さいプログラムの方がデバッグやトレースもしやすいでしょうし、色々いじってみてください。