先の認識とCPU使用率の増加がいまいち繋がりません。
おそらく linux kernel でのトラブルの話をされているのかと思います。
それを前提にものすごくざっくり説明します。
この時の bug では、うるう秒挿入時に CLOCK_REALTIME を1秒巻き戻したのに、
clock_was_set() を呼び忘れたことです。
この状況では、高精度カーネルタイマ(hrtimer) の処理時に1秒ずれが生じた状態になります。
このため、hrtimer でタイマーを設定すると1秒早くタイマーが終了してしまう状況になります。
ここで問題なのは1秒未満のタイマーを設定した場合で、1秒未満のタイマーを設定した際に
即座にタイマーが終了してしまいます。
タイマーが切れたため、プログラムはタイマー切れの処理を行います。
タイマー切れの場合に必要な処理を行い、再度タイマーを設定するプログラムであった場合、
この一連の処理はループします。
これらのプログラムが複数呼び出された場合は、システム全体の負荷が高くなります。
1秒ずれた状態は clock_was_set() を呼びだすまで解消されないため、
うるう秒処理後から1秒未満のタイマーを設定する様なプログラムで
高負荷の状況を生み出す事になります。
この問題の解消は clock_was_set() を呼びだして1秒のずれを解消する事です。
date コマンドで解消する記事が多くあると思いますが、それは内部で clock_was_set() を
呼びだしているからです。
ソース: https://lkml.org/lkml/2012/7/1/203
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