次の2回のループがわかりやすいやり方と思います。
・最大値を求めるだけ
・求まった最大値の要素を探し、色をつける
parseIntの第2引数は10を指定した方が良いです。
数値が0で始まっているときに8進数と解釈されることを防ぎます。
HTML
1<!DOCTYPE html>
2<html>
3<head>
4<meta charset="UTF-8">
5<title></title>
6<style>
7.highlighted {
8 color: red;
9}
10</style>
11<script type="text/javascript" src="jquery-2.1.4.js"></script>
12<script type="text/javascript">
13$(function() {
14 var max = -Infinity; // 負の無限大
15
16 // 最大値を求めるだけ
17 $('.hoge').each(function() {
18 max = Math.max(max, parseInt($(this).text(), 10));
19 });
20
21 // 求まった最大値の要素を探し、'highlighted'クラスを追加して色をつける
22 $('.hoge').each(function() {
23 if (max == parseInt($(this).text(), 10)) {
24 $(this).addClass('highlighted');
25 }
26 });
27});
28</script>
29</head>
30<body>
31<div class="hoge">2</div>
32<div class="hoge">5</div>
33<div class="hoge">99</div>
34<div class="hoge">1</div>
35<div class="hoge">4</div>
36<div class="hoge">-999</div>
37<div class="hoge">1</div>
38<div class="hoge">99</div>
39<div class="hoge">3</div>
40</html>