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Rails bundle installでエラー

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Tats.N

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環境

macOS Sierra 10.12
Ruby 2.3.1p112 (2016-04-26 revision 54768) [x86_64-darwin16]
Rails 4.2.5.1

Sqlite3 Path: /usr/bin/sqlite3

試したこと

$ gem install sqlite3
$ gem install sqlite3 -v '1.3.12'
$ gem install sqlite3-ruby


(上の三つとも、インストールはできますが、bundle installをすると全く同じエラーが出ました。)

$ brew install sqlite3
Warning: sqlite-3.15.0 already installed


(違うと思いながらもbrewで一応やってみたのですがインストール済みで変わらず。。)

$ brew install mysql-devel

Error: No available formula with the name "mysql-devel" 
==> Searching for similarly named formulae...
Error: No similarly named formulae found.
==> Searching taps...
Error: No formulae found in taps.


extconf.rb failedと出ていたのでそれについて調べたところ、yumでsqlite-develなるものをインストールすればいいと出たのですが当方Macでして使えず、適当にyumをbrewに変えてみたのですがうまくいかず。。(当たり前や)

エラー内容

run  bundle install
Don't run Bundler as root. Bundler can ask for sudo if it is needed, and
installing your bundle as root will break this application for all non-root
users on this machine.
Fetching gem metadata from https://rubygems.org/...........
Fetching version metadata from https://rubygems.org/...
Fetching dependency metadata from https://rubygems.org/..
Resolving dependencies.....
Rubygems 2.0.14.1 is not threadsafe, so your gems will be installed one at a time. Upgrade to Rubygems 2.1.0 or higher to enable parallel gem installation.
Using rake 11.3.0
Using i18n 0.7.0
Using json 1.8.3
Using minitest 5.9.1
Using thread_safe 0.3.5
Using builder 3.2.2
Using erubis 2.7.0
Using mini_portile2 2.1.0
Using rack 1.6.4
Using mime-types-data 3.2016.0521
Using arel 6.0.3
Using debug_inspector 0.0.2
Using bundler 1.11.2
Using byebug 9.0.6
Using coffee-script-source 1.10.0
Using execjs 2.7.0
Using thor 0.19.1
Using concurrent-ruby 1.0.2
Using multi_json 1.12.1
Using sass 3.4.22
Using tilt 2.0.5
Installing sqlite3 1.3.12 with native extensions

Gem::Installer::ExtensionBuildError: ERROR: Failed to build gem native extension.

    /System/Library/Frameworks/Ruby.framework/Versions/2.0/usr/bin/ruby extconf.rb
Error: Running Homebrew as root is extremely dangerous. As Homebrew does not
drop privileges on installation you are giving all build scripts full access
to your system. As a result of the macOS sandbox not handling the root user
correctly HOMEBREW_NO_SANDBOX has been set so the sandbox will not be used. If
we have not merged a pull request to add privilege dropping by November 1st
2016 running Homebrew as root will be disabled. No Homebrew maintainers plan
to work on this functionality.
checking for sqlite3.h... yes
checking for pthread_create() in -lpthread... yes
checking for sqlite3_libversion_number() in -lsqlite3... no
sqlite3 is missing. Try 'brew install sqlite3',
'yum install sqlite-devel' or 'apt-get install libsqlite3-dev'
and check your shared library search path (the
location where your sqlite3 shared library is located).
*** extconf.rb failed ***
Could not create Makefile due to some reason, probably lack of necessary
libraries and/or headers.  Check the mkmf.log file for more details.  You may
need configuration options.

Provided configuration options:
    --with-opt-dir
    --without-opt-dir
    --with-opt-include
    --without-opt-include=${opt-dir}/include
    --with-opt-lib
    --without-opt-lib=${opt-dir}/lib
    --with-make-prog
    --without-make-prog
    --srcdir=.
    --curdir
    --ruby=/System/Library/Frameworks/Ruby.framework/Versions/2.0/usr/bin/ruby
    --with-sqlite3-config
    --without-sqlite3-config
    --with-pkg-config
    --without-pkg-config
    --with-sqlite3-dir
    --without-sqlite3-dir
    --with-sqlite3-include
    --without-sqlite3-include=${sqlite3-dir}/include
    --with-sqlite3-lib
    --without-sqlite3-lib=${sqlite3-dir}/
    --with-pthreadlib
    --without-pthreadlib
    --with-sqlite3lib
    --without-sqlite3lib


Gem files will remain installed in /Library/Ruby/Gems/2.0.0/gems/sqlite3-1.3.12 for inspection.
Results logged to /Library/Ruby/Gems/2.0.0/gems/sqlite3-1.3.12/ext/sqlite3/gem_make.out
Using turbolinks-source 5.0.0
Using rdoc 4.2.2
Using tzinfo 1.2.2
Installing nokogiri 1.6.8.1 with native extensions

Gem::Installer::ExtensionBuildError: ERROR: Failed to build gem native extension.

    /System/Library/Frameworks/Ruby.framework/Versions/2.0/usr/bin/ruby extconf.rb
checking if the C compiler accepts ... yes
checking if the C compiler accepts -Wno-error=unused-command-line-argument-hard-error-in-future... no
Building nokogiri using packaged libraries.
Using mini_portile version 2.1.0
checking for iconv.h... yes
checking for gzdopen() in -lz... yes
checking for iconv... yes
************************************************************************
IMPORTANT NOTICE:

Building Nokogiri with a packaged version of libxml2-2.9.4.

Team Nokogiri will keep on doing their best to provide security
updates in a timely manner, but if this is a concern for you and want
to use the system library instead; abort this installation process and
reinstall nokogiri as follows:

    gem install nokogiri -- --use-system-libraries
        [--with-xml2-config=/path/to/xml2-config]
        [--with-xslt-config=/path/to/xslt-config]

If you are using Bundler, tell it to use the option:

    bundle config build.nokogiri --use-system-libraries
    bundle install

Note, however, that nokogiri is not fully compatible with arbitrary
versions of libxml2 provided by OS/package vendors.
************************************************************************
Extracting libxml2-2.9.4.tar.gz into tmp/x86_64-apple-darwin16/ports/libxml2/2.9.4... OK
Running 'configure' for libxml2 2.9.4... OK
Running 'compile' for libxml2 2.9.4... ERROR, review '/Library/Ruby/Gems/2.0.0/gems/nokogiri-1.6.8.1/ext/nokogiri/tmp/x86_64-apple-darwin16/ports/libxml2/2.9.4/compile.log' to see what happened. Last lines are:
========================================================================
    unsigned short* in = (unsigned short*) inb;
                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
encoding.c:815:27: warning: cast from 'unsigned char *' to 'unsigned short *' increases required alignment from 1 to 2 [-Wcast-align]
    unsigned short* out = (unsigned short*) outb;
                          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
4 warnings generated.
  CC       error.lo
  CC       parserInternals.lo
  CC       parser.lo
  CC       tree.lo
  CC       hash.lo
  CC       list.lo
  CC       xmlIO.lo
xmlIO.c:1450:52: error: use of undeclared identifier 'LZMA_OK'
    ret =  (__libxml2_xzclose((xzFile) context) == LZMA_OK ) ? 0 : -1;
                                                   ^
1 error generated.
make[2]: *** [xmlIO.lo] Error 1
make[1]: *** [all-recursive] Error 1
make: *** [all] Error 2
========================================================================
*** extconf.rb failed ***
Could not create Makefile due to some reason, probably lack of necessary
libraries and/or headers.  Check the mkmf.log file for more details.  You may
need configuration options.

Provided configuration options:
    --with-opt-dir
    --without-opt-dir
    --with-opt-include
    --without-opt-include=${opt-dir}/include
    --with-opt-lib
    --without-opt-lib=${opt-dir}/lib
    --with-make-prog
    --without-make-prog
    --srcdir=.
    --curdir
    --ruby=/System/Library/Frameworks/Ruby.framework/Versions/2.0/usr/bin/ruby
    --help
    --clean
    --use-system-libraries
    --enable-static
    --disable-static
    --with-zlib-dir
    --without-zlib-dir
    --with-zlib-include
    --without-zlib-include=${zlib-dir}/include
    --with-zlib-lib
    --without-zlib-lib=${zlib-dir}/lib
    --enable-cross-build
    --disable-cross-build
/Library/Ruby/Gems/2.0.0/gems/mini_portile2-2.1.0/lib/mini_portile2/mini_portile.rb:366:in `block in execute': Failed to complete compile task (RuntimeError)
    from /Library/Ruby/Gems/2.0.0/gems/mini_portile2-2.1.0/lib/mini_portile2/mini_portile.rb:337:in `chdir'
    from /Library/Ruby/Gems/2.0.0/gems/mini_portile2-2.1.0/lib/mini_portile2/mini_portile.rb:337:in `execute'
    from /Library/Ruby/Gems/2.0.0/gems/mini_portile2-2.1.0/lib/mini_portile2/mini_portile.rb:111:in `compile'
    from /Library/Ruby/Gems/2.0.0/gems/mini_portile2-2.1.0/lib/mini_portile2/mini_portile.rb:150:in `cook'
    from extconf.rb:365:in `block (2 levels) in process_recipe'
    from extconf.rb:258:in `block in chdir_for_build'
    from extconf.rb:257:in `chdir'
    from extconf.rb:257:in `chdir_for_build'
    from extconf.rb:364:in `block in process_recipe'
    from extconf.rb:263:in `tap'
    from extconf.rb:263:in `process_recipe'
    from extconf.rb:556:in `<main>'


Gem files will remain installed in /Library/Ruby/Gems/2.0.0/gems/nokogiri-1.6.8.1 for inspection.
Results logged to /Library/Ruby/Gems/2.0.0/gems/nokogiri-1.6.8.1/ext/nokogiri/gem_make.out
Using rack-test 0.6.3
Using mime-types 3.1
Using binding_of_caller 0.7.2
Using coffee-script 2.4.1
Using uglifier 3.0.2
Using sprockets 3.7.0
An error occurred while installing sqlite3 (1.3.12), and Bundler cannot
continue.
Make sure that `gem install sqlite3 -v '1.3.12'` succeeds before bundling.
         run  bundle exec spring binstub --all
bundler: command not found: spring
Install missing gem executables with `bundle install`

助けてください

サーバーサイドの勉強を始めたのでずが初っ端からつまづいております。。
どなたかわかる方おられませんでしょうか。。
宜しくお願いします。

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回答 1

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Rubygems のインストール先をローカルファルダに指定した方が良いと思います。

bundle install --path=.bundle

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