同じドメインであれば考慮するべきはNTFSアクセス権と共有アクセス権の移行となります。
robocopyツールなど用いて、NTFSアクセス権の移行、net share を用いて共有アクセス権の移行を意識する必要があります。
違うドメインであれば、SIDが変わってしまうので、MSの移行ツールを使用する必要がありますね。
併せて、移動プロファイル(またはフォルダリダイレクト)はGPOまたは各個アカウントプロパティで参照先ネットワークパスを指定しています。
移動プロファイルを別サーバに移行した場合は、この指定先を変える必要があります。
全ユーザの移動プロファイルを移行するのであれば、移行先のネットワークパスを同一にすることで、この手間を省くことも可能でしょう。
設定ファイル自体は抜いてあるので、移行するだけかなと思ってるんですが、ダメですかね・・
設定ファイルとは何のことを言われているか不明のため、適切な回答を差し上げることができません。
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