単純に、精密な経過時間を測定したいのであればSystem.nanoTime()を使うとよいと思います。
System.currentTimeMillis()は可能な限り最も正確なミリ秒の経過時間を与えるのに対し、System.nanoTime()はある任意の点に対してナノ秒の精密な時間を与えます。
※以下、Javadocから引用※
public static long nanoTime()
実行中の Java 仮想マシンの高精度時間ソースの現在値を、ナノ秒の単位で返します。
このメソッドは、経過時間を測定するためだけに使用できます。システムのほかの概念や壁時計の時刻に関連していません。
返される値は、固定された任意の基準時間からの経過時間 (ナノ秒) です。将来的に、値が負の数になる可能性があります。ある Java 仮想マシンのインスタンス内でのこのメソッドのすべての呼び出しでは、同じ情報源が使用されます。
ほかの仮想マシンインスタンスでは、おそらく異なる情報源が使用されます。
このメソッドが提供する精度はナノ秒ですが、その解像度 (つまり値の変更頻度) は必ずしもナノ秒ではありません。その解像度は少なくとも currentTimeMillis() と同じである、という以外の保証は一切ありません。
たとえば、一部のコードで実行にかかる時間を測定するには、次のようになります。
lang
1long startTime = System.nanoTime();
2// ... the code being measured ...
3long estimatedTime = System.nanoTime() - startTime;
詳細はJavaDoc APIを読んでみてください。
・System.nanoTime()
[http://docs.oracle.com/javase/jp/7/api/java/lang/System.html#nanoTime()](http://docs.oracle.com/javase/jp/7/api/java/lang/System.html#nanoTime()
・System.currentTimeMillis()
[http://docs.oracle.com/javase/jp/7/api/java/lang/System.html#currentTimeMillis()](http://docs.oracle.com/javase/jp/7/api/java/lang/System.html#currentTimeMillis()
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