MySQLを以下のコマンドで始めて下さい。
mysqld --log="file_name"
もしくは、下記の記述をmy.cnfに追加して下さい。
log="file_name"
どちらを使っても、全てのクエリを"file_name"にログします。
また、--log-slow-queries optionを使って、遅いクエリだけをログすることもできます。
デフォルトでクエリは10秒以上かかると遅いと判断されますが、long_query_timeを実行にかけてほしい時間に設定して変更することができます。
詳しい説明は下記のマニュアルを参照して下さい。
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/ja/log-tables.html
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