【Docker】コンテナ上にDBを作成する際に「Ports are not available 〜 address already in use」が発生する

Question

既存のrailsアプリにdocker環境を導入していたところ、[docker-compose run web bundle exec rake db:create]実行時にタイトルのエラーが発生しました。ネットで検索した方法で解決できなかったのでどなたか助けて頂きたく存じます。

#発生経緯

①下記３ファイルを作成

FROM ruby:3.0.2
RUN curl -sS https://dl.yarnpkg.com/debian/pubkey.gpg | apt-key add - \
    && echo "deb https://dl.yarnpkg.com/debian/ stable main" | tee /etc/apt/sources.list.d/yarn.list
RUN apt-get update -qq && apt-get install -y build-essential libpq-dev nodejs yarn


WORKDIR /my_app
COPY Gemfile /my_app/Gemfile
COPY Gemfile.lock /my_app/Gemfile.lock
RUN gem install bundler
RUN bundle install
COPY . /my_app

RUN yarn install --check-files
RUN bundle exec rails webpacker:compile

COPY entrypoint.sh /usr/bin/
RUN chmod +x /usr/bin/entrypoint.sh
ENTRYPOINT ["entrypoint.sh"]
EXPOSE 3000

CMD ["rails", "server", "-b", "0.0.0.0"]

#docker-compose.yml
version: "3"
services:
  db:
    image: mysql:8.0.26
    environment:
      MYSQL_ROOT_PASSWORD: password
    ports:
      - "3306:3306"
    volumes:
      - mysql-data:/var/lib/mysql
  web:
    build: .
    command: bash -c "rm -f tmp/pids/server.pid && bundle exec rails s -p 3000 -b '0.0.0.0'"
    volumes:
      - .:/my_app
    ports:
      - "3000:3000"
    depends_on:
      - db
    stdin_open: true
    tty: true
volumes:
  mysql-data:
    driver: local

#entrypoint.sh
#!/bin/bash
set -e

# Remove a potentially pre-existing server.pid for Rails.
rm -f /アプリ名/tmp/pids/server.pid

# Then exec the container's main process (what's set as CMD in the Dockerfile).
exec "$@"

②docker imageをビルド

$  docker-compose build
[+] Building 427.9s (18/18) FINISHED

③Dockerコンテナ上にデータベースを作成
タイトルのエラー発生

$  docker-compose run web bundle exec rake db:create
Starting my_app_db_1 ... error

ERROR: for my_app_db_1  Cannot start service db: Ports are not available: listen tcp 0.0.0.0:3306: bind: address already in use

ERROR: for db  Cannot start service db: Ports are not available: listen tcp 0.0.0.0:3306: bind: address already in use
ERROR: Encountered errors while bringing up the project.

#試したこと

$ sudo lsof -i -P | grep "LISTEN"
mysqld    40347          _mysql   19u  IPv4 0xb4ab58fb49e4ab55      0t0    TCP localhost:33060 (LISTEN)
mysqld    40347          _mysql   21u  IPv4 0xb4ab58fb4a896b55      0t0    TCP localhost:3306 (LISTEN)

$ sudo kill -9 40347 
$ sudo lsof -i -P | grep "LISTEN" #停止できた確認すると違うIDでmysqldが復活していました。
mysqld    40432          _mysql   19u  IPv4 0xb4ab58fb463fcdcd      0t0    TCP localhost:33060 (LISTEN)
mysqld    40432          _mysql   21u  IPv4 0xb4ab58fb463f9b55      0t0    TCP localhost:3306 (LISTEN)

#mysqlサーバーを停止しようとするとこれはこれでエラーが発生してしまいます。
$ sudo mysql.server stop
 ERROR! MySQL server PID file could not be found!

#docker-compose.yml
db:
    image: mysql:8.0.26
    environment:
      MYSQL_ROOT_PASSWORD: password
    ports:
      - "3307:3306" #左の数字を変更して試してみましたがダメでした。
    volumes:
      - mysql-data:/var/lib/mysql

#database.yml

default: &default
  adapter: mysql2
  encoding: utf8mb4
  pool: <%= ENV.fetch("RAILS_MAX_THREADS") { 5 } %>
  username: root
  password: password
  socket: /tmp/mysql.sock


development:
  adapter: mysql2
  encoding: utf8
  reconnect: false
  database: my_app_development
  pool: 5
  username: username
  password: password
  host: localhost

test:
  adapter: mysql2
  encoding: utf8
  reconnect: false
  database: my_app_test
  pool: 5
  username: username
  password: password
  host: localhost

production:
  <<: *default
  database: <%= Rails.application.credentials.db[:database] %>
  username: <%= Rails.application.credentials.db[:username] %>
  password: <%= Rails.application.credentials.db[:password] %>
  socket: <%= Rails.application.credentials.db[:socket] %>

Answer 1

リアルなOS上で動いているデーモン（多分)MySQL がそのportを使っているからです。
リアルな方を止めて良いなら止めるし、だめなら Dockerの方のportを変えましょう。
PID file could not be found! が出るのは、なんらかのことが削除してしまったか、
停止scriptに書かれているfileとmusqlの起動scriptが指定しているfileが違っているからです。
ps で調べた pid でkillすれば止まります

Comments

[black_pasta1001]

回答いただきありがとうございます。
当方初学者につき理解が及ばず、２点追加で質問させてください。
①psでリアルの方を調べるにはどのようなコマンドを実行したら良いでのしょうか？
②リアルな方を止めた場合、本番環境（EC2）で起動しているmysqlも止まってしまうのでしょうか？

[winterboum]

1 ps -eaf | grep mysqld で見てください。 OSによって若干 -eaf が変わるかも
2 本番は影響受けません

なお、リアルなmuysqld をリアルななんかのプロセスが使ってると、止まってくれないときもあるかも

[black_pasta1001]

ps -eaf| grep mysqldで表示されたpidをkillし、再度db:createを実行したところ、
Creating my_app_web_run ... done
Can't connect to local MySQL server through socket '/run/mysqld/mysqld.sock' (2)
Couldn't create 'my_app_development' database. Please check your configuration.
というエラーが発生しましたので
mysqlを再起動すると大元の結局ポートが使用済みというエラーに遭遇します。

Can't connect to local MySQL server through socket '/run/mysqld/mysqld.sock' (2)
のエラーを回避しつつ、ポート使用済み問題を解決するにはdockerのポート番号を変更するしかないでしょうか？

[winterboum]

それが一つ、もう一つ
socket '/run/mysqld/mysqld.sock' とつながらない と言ってますから、その修正も必要ですね。
dockerのsocket file の定義と、Rails の dtabase.yml のsocket定義を一致させてください。

[black_pasta1001]

別のエラーが発生してしまいましたがsocketは繋がったようです。元の問題は解決されたようなのでこちらの質問はクローズさせて頂きます。ご丁寧にご教示いただきありがとうございました。