jupyterで環境が作れないです。

Question

前提・実現したいこと

github
のLocal installationの手順にしたがってやってもうまく機能しないという次第です。

発生している問題・エラーメッセージ

Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: failed with repodata from current_repodata.json, will retry with next repodata source.
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: failed

PackagesNotFoundError: The following packages are missing from the target environment:
  - python==3.9

該当のソースコード

!conda create --name cellpose python==3.9

試したこと

１，3.6, 3.7, 3.8, 3.9とバージョンをためした。

補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

ここにより詳細な情報を記載してください。

Python3 (3.7.4)
Jupyter Lab version 1.1.4
macbookpro 16

###写真の追加

1,

２，

Comments

[jbpb0]

https://teratail.com/questions/374402
の「質問への追記・修正の依頼」にも書きましたけど、condaコマンドはjupyter上で実行するのではなく、ターミナルで実行する方がいいです

python -m pip install…
も、やはりjupyter上ではなく、ターミナルで実行する方がいいです

https://github.com/mouseland/cellpose
の「Local installation」に、「2. Open an anaconda prompt / command prompt with condafor python 3 in the path」って書かれてますよね
「anaconda prompt / command prompt」は、Macではターミナルのことですから、「Local installation」に書いてある手順はターミナルで実行してくれ、という意味です

ターミナルで、condaで仮想環境を作り、condaでそれをactivateして、そこにcondaやpipで必要なものを全部インストールします
ここまではターミナルでやります
(まだjupyterは起動しません)

上記が全部終わってから、jupyterを使います
ターミナルで仮想環境をactivateした状態で、
jupyter notebook
を実行します

Answer 1

githubから取ってくるよりも、他の方法が良いでしょう。

conda環境でインストールするならanaconda.orgで検索して出てくるohsu-comp-bio / packages / cellposeに書かれている方法でインストールすればできるはずです。

condaでない環境なら、PyPI cellpose 0.7.2に書かれている方法でインストールします。

公式ドキュメント Installationも読んでおきましょう。

Comments

[Deep_passion]

すいません、うまくできないです。condaで、インストールした後に, resetしたのですが、うまくいきませんでした。

[jbpb0]

いやだから、jupyter上でやるのではなく、ターミナルでやるのです

ターミナルで作った仮想環境は、jupyterでも使えます

[ppaul]

うまく入っているかどうかは、Jupyterの前にターミナルでimportだけでもやってみてください。

[jbpb0]

Anacondaはちゃんと使える状態になってるのでしょうか？

たとえば、
https://zenn.dev/heku/articles/bc0689bc3c192c
に書かれてるようなことを「ターミナル」で問題無く実行できるのでしょうか？
もしどれかの実行時に何らかのエラーが出るなら、まずそれを直すのが先です

[Deep_passion]

すいません、Itermで実行しましても、同じ状況でございました。

[Deep_passion]

ppaul,jbpb0さんありがとうございます。

[jbpb0]

ターミナルで実行してもダメなら、Anacondaの環境設定がちゃんとできてないのでは？

私の一つ前のコメント見てください