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Python 3.x

Python 3はPythonプログラミング言語の最新バージョンであり、2008年12月3日にリリースされました。

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xmlからのデータ抽出エラー

MonTesra

総合スコア3

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XMLは仕様の1つで、マークアップ言語群を構築するために使われています。

Python 3.x

Python 3はPythonプログラミング言語の最新バージョンであり、2008年12月3日にリリースされました。

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投稿2021/12/09 11:20

前提・実現したいこと

複数のXMLから特定の情報を秀出してまとめるシステムを作成しています。
データを抽出中にに以下のエラーメッセージが発生しました。
初学者で検索を行ってみましたが上手くいかずお助けください。

エラーメッセージ

SyntaxError: expression cannot contain assignment, perhaps you meant "=="?

XMLのデータ

<gene> <gene-data cdseffect="123C&gt;G" depth="1000" equivocal="false" functional-effect="missense" gene="ABC1" percent-reads="49.0"> <dna-check="ver.01"/> </gene>

該当のソースコード

python

1with open('example.xml') as f: 2 soup = BeautifulSoup(f, 'xml') 3 4data = [] 5for e in soup.find_all('gene-data', depth=True, equivocal=True, functional-effect=True): 6 data.append((e['depth'], e['equivocal'], e['functional-effect'])) 7print(data)

試したこと

functional-effectの抽出を外すと抽出がうまく行き、-を含む情報を抽出しようとすると上記のエラーがでました。

補足情報(FW/ツールのバージョンなど)

ここにより詳細な情報を記載してください。

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attrs を使うか、

python

1for e in soup.find_all('gene-data', attrs={'depth': True, 'equivocal': True, 'functional-effect': True}): 2 data.append((e['depth'], e['equivocal'], e['functional-effect']))

select() で CSS selector を使うかでしょう。

python

1for e in soup.select('gene-data[depth][equivocal][functional-effect]'): 2 data.append((e['depth'], e['equivocal'], e['functional-effect']))

投稿2021/12/09 11:53

melian

総合スコア19912

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MonTesra

2021/12/10 11:13

大変参考になりました。誠にありがとうございます。 精進します。
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