投稿2021/10/29 07:33
編集2021/11/04 10:42下記のコードでtiff形式からnifti形式に変換し、napariでnifti画像を表示させると、９０度回転した画像が表示されます。
コードを追っても、そんな命令をしていないのですが。。。
見落としてますか？
９０度回転はなしの状態にしたいです。
変換前のtiff画像は何枚も画像を重ねています。(gif画像のようなもの)
python
1#!/usr/bin/env python 2# -*- coding: utf-8 -*- 3""" 4tif_to_nii 5command line executable to convert a directory of tif images 6(from one image) to a nifti image stacked along a user-specified axis 7call as: python tif_to_nii.py /path/to/tif/ /path/to/nifti 8(append optional arguments to the call as desired) 9Author: Jacob Reinhold (jacob.reinhold@jhu.edu) 10""" 11 12import argparse 13from glob import glob 14import os 15from pathlib import Path 16import sys 17 18from PIL import Image 19import nibabel as nib 20import numpy as np 21 22 23def arg_parser(): 24 parser = argparse.ArgumentParser(description='merge 2d tif images into a 3d image') 25 parser.add_argument('img_dir', type=str, 26 help='path to tiff image directory') 27 parser.add_argument('out_dir', type=str, 28 help='path to output the corresponding tif image slices') 29 parser.add_argument('-a', '--axis', type=int, default=2, 30 help='axis on which to stack the 2d images') 31 return parser 32 33 34def split_filename(filepath): 35 path = os.path.dirname(filepath) 36 filename = os.path.basename(filepath) 37 base, ext = os.path.splitext(filename) 38 if ext == '.gz': 39 base, ext2 = os.path.splitext(base) 40 ext = ext2 + ext 41 return path, base, ext 42 43 44def main(): 45 try: 46 args = arg_parser().parse_args() 47 img_dir = Path(args.img_dir) 48 fns = sorted([str(fn) for fn in img_dir.glob('*.tif*')]) 49 if not fns: 50 raise ValueError(f'img_dir ({args.img_dir}) does not contain any .tif or .tiff images.') 51 imgs = [] 52 for fn in fns: 53 _, base, ext = split_filename(fn) 54 img = np.asarray(Image.open(fn)).astype(np.float32).squeeze() 55 ''' 56 if img.ndim != 2: 57 raise Exception(f'Only 2D data supported. File {base}{ext} has dimension {img.ndim}.') 58 ''' 59 imgs.append(img) 60 img = np.stack(imgs, axis=args.axis) 61 nib.Nifti1Image(img,None).to_filename(os.path.join(args.out_dir, f'{base}.nii.gz')) 62 return 0 63 except Exception as e: 64 print(e) 65 return 1 66 67 68if __name__ == "__main__": 69 sys.exit(main()) 70
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正常に表示するのはできたが、保存が上手く行ったかはわからない。
tiffファイルを使うのが良い。
投稿2022/01/21 06:04
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