pytorch-unet3Dのコードを動かしたい

Question

github上で公開されている以下のコードを使って、unetの３次元畳み込みをやりたいです。

https://github.com/davidiommi/Pytorch--3D-Medical-Images-Segmentation--SALMON

Data_folderに自分の３次元画像でデータを用意して、train.pyとpredict_single_image.pyを実行したのですが、
何も起こらず、フリーズ状態のままです。

$ python train.py 
/share/home/nakayama/test/Pytorch--3D-Medical-Images-Segmentation--SALMON/train.py:208: SyntaxWarning: "is" with a literal. Did you mean "=="?
  if opt.network is 'nnunet':
/share/home/nakayama/test/Pytorch--3D-Medical-Images-Segmentation--SALMON/train.py:210: SyntaxWarning: "is" with a literal. Did you mean "=="?
  elif opt.network is 'unetr':
/share/home/nakayama/test/Pytorch--3D-Medical-Images-Segmentation--SALMON/train.py:227: SyntaxWarning: "is" with a literal. Did you mean "=="?
  if opt.network is 'nnunet':
/share/home/nakayama/test/Pytorch--3D-Medical-Images-Segmentation--SALMON/train.py:232: SyntaxWarning: "is" with a literal. Did you mean "=="?
  elif opt.network is 'unetr':
/share/home/nakayama/test/Pytorch--3D-Medical-Images-Segmentation--SALMON/train.py:263: SyntaxWarning: "is" with a literal. Did you mean "=="?
  if opt.network is 'nnunet':
number of GPU: 1
Number of training patches per epoch: 2
Number of training images per epoch: 1
Number of validation images per epoch: 1
Number of test images per epoch: 1

print文で確認したところ、# Transforms list
までは実行されていました。
実際にプログラムをいじったのはinit.pyのgpu_idの部分のみです。
どうすれば正常に実行できるでしょうか？

Comments

[jbpb0]

https://github.com/davidiommi/3D_Prostate_segmentation_pytorch

は、ありません

[tiroha]

すいません。
URLを更新しました。

Answer 1

このプログラムではなく、
https://github.com/johschmidt42/PyTorch-2D-3D-UNet-Tutorial
こっちに公開されているプログラムを３次元畳み込みに拡張するのが良い