HE染色した画像をブロブ検出したい

Question

前提・実現したいこと

HE染色された画像をブロブ検出したいと考えています。
ライブラリを用いて、3種類の方法で検出したいと考えているのですが、DoHのところでエラーが発生します。

ブロブ検出機能を実装中に以下のエラーメッセージが発生しました。

発生している問題・エラーメッセージ

ValueError: Buffer dtype mismatch, expected 'double_t' but got 'float'

該当のソースコード

from math import sqrt
from skimage import util
from skimage.feature import blob_dog, blob_log, blob_doh
from skimage.color import rgb2gray
import matplotlib.pyplot as plt

image = plt.imread('f9dd57a42e7747e256d484405b3e1d0a.png')
image_gray = rgb2gray(image)
image_gray = util.invert(image_gray)

"""logによる検出"""
blobs_log = blob_log(image_gray, max_sigma=30, num_sigma=10, threshold=.1)

# Compute radii in the 3rd column.
blobs_log[:, 2] = blobs_log[:, 2] * sqrt(2)

"""Dogによる検出"""
blobs_dog = blob_dog(image_gray, max_sigma=30, threshold=.1)
blobs_dog[:, 2] = blobs_dog[:, 2] * sqrt(2)

"""DoHによる検出"""
blobs_doh = blob_doh(image_gray, max_sigma=30, threshold=.01)###ここでエラーが発生します###
#blobs_list = [blobs_log, blobs_dog, blobs_doh]

"""結果"""
blobs_list = [blobs_log, blobs_dog, blobs_doh]
colors = ['yellow', 'lime', 'red']
titles = ['Laplacian of Gaussian', 'Difference of Gaussian',
          'Determinant of Hessian']
sequence = zip(blobs_list, colors, titles)

fig, axes = plt.subplots(1, 3, figsize=(9, 3), sharex=True, sharey=True)
ax = axes.ravel()

for idx, (blobs, color, title) in enumerate(sequence):
    ax[idx].set_title(title)
    ax[idx].imshow(image_gray,cmap="gray")
    for blob in blobs:
        y, x, r = blob
        c = plt.Circle((x, y), r, color=color, linewidth=1, fill=False)
        ax[idx].add_patch(c)
    ax[idx].set_axis_off()
plt.tight_layout()
plt.savefig('plot_blob_invert.png',dpi=100)
plt.show()

試したこと

どこを直したらいいのかわからず、止まっています。

補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

ファイルはこれです。

Comments

[coco_bauer]

「ValueError: Buffer dtype mismatch, expected 'double_t' but got 'float'」というエラーは、プログラムのどの部分で発生するのですか？　"DoHのところ"と言われても判りかねます。

[kinokoman]

返信ありがとうございます。

プログラム中にも記載させていただいたのですが、

blobs_doh = blob_doh(image_gray, max_sigma=30, threshold=.01)
この部分で発生しています。

Answer 1

ValueError: Buffer dtype mismatch, expected 'double_t' but got 'float'

倍精度浮動小数点が欲しかった、という話のようです。明示的にdoubleとしたら動きました。

from math import sqrt
from skimage import util
from skimage.feature import blob_dog, blob_log, blob_doh
from skimage.color import rgb2gray
import matplotlib.pyplot as plt

image = plt.imread('A.png')
image_gray = rgb2gray(image)
image_gray = util.invert(image_gray)

"""logによる検出"""
blobs_log = blob_log(image_gray, max_sigma=30, num_sigma=10, threshold=.1)

# Compute radii in the 3rd column.
blobs_log[:, 2] = blobs_log[:, 2] * sqrt(2)

"""Dogによる検出"""
blobs_dog = blob_dog(image_gray, max_sigma=30, threshold=.1)
blobs_dog[:, 2] = blobs_dog[:, 2] * sqrt(2)

"""DoHによる検出"""
# blobs_doh = blob_doh(image_gray, max_sigma=30, threshold=.01)###ここでエラーが発生します###
blobs_doh = blob_doh(image_gray.astype("double"), max_sigma=30, threshold=.01)###ここでエラーが発生します###

#blobs_list = [blobs_log, blobs_dog, blobs_doh]

"""結果"""
blobs_list = [blobs_log, blobs_dog, blobs_doh]
colors = ['yellow', 'lime', 'red']
titles = ['Laplacian of Gaussian', 'Difference of Gaussian',
          'Determinant of Hessian']
sequence = zip(blobs_list, colors, titles)

fig, axes = plt.subplots(1, 3, figsize=(9, 3), sharex=True, sharey=True)
ax = axes.ravel()

for idx, (blobs, color, title) in enumerate(sequence):
    ax[idx].set_title(title)
    ax[idx].imshow(image_gray,cmap="gray")
    for blob in blobs:
        y, x, r = blob
        c = plt.Circle((x, y), r, color=color, linewidth=1, fill=False)
        ax[idx].add_patch(c)
    ax[idx].set_axis_off()
plt.tight_layout()
plt.savefig('plot_blob_invert.png',dpi=100)
plt.show()

Comments

[kinokoman]

ありがとうございます！
無事に解決しました!