ヒストグラム平坦化を行いたい！

Question

前提・実現したいこと

ヒストグラム平坦化の記事参照
to_rgbの画像をヒストグラム平坦化を行いたいのですが、エラーがでまして、前に進めません。
versionとかがおかしいのかと、簡単な画像をやってみましたら、うまくいきました。
ですので、この写真になにか問題があるのかなと思いました。
ですが、shapeなどを確認しても、標準化したってことしかわかりません。

よろしくおねがいします。

発生している問題・エラーメッセージ

---------------------------------------------------------------------------
error                                     Traceback (most recent call last)
/tmp/ipykernel_42/3202283151.py in <module>
      8 
      9 # #画像をRGBからグレースケールに変更
---> 10 gray_img = cv2.cvtColor(to_rgb, cv2.COLOR_RGB2GRAY)
     11 #  cv2.COLOR_BGR2GRAY
     12 

error: OpenCV(4.5.3) /tmp/pip-req-build-fvfwe_ss/opencv/modules/imgproc/src/color.simd_helpers.hpp:94: error: (-2:Unspecified error) in function 'cv::impl::{anonymous}::CvtHelper<VScn, VDcn, VDepth, sizePolicy>::CvtHelper(cv::InputArray, cv::OutputArray, int) [with VScn = cv::impl::{anonymous}::Set<3, 4>; VDcn = cv::impl::{anonymous}::Set<1>; VDepth = cv::impl::{anonymous}::Set<0, 2, 5>; cv::impl::{anonymous}::SizePolicy sizePolicy = cv::impl::<unnamed>::NONE; cv::InputArray = const cv::_InputArray&; cv::OutputArray = const cv::_OutputArray&]'
> Unsupported depth of input image:
>     'VDepth::contains(depth)'
> where
>     'depth' is 6 (CV_64F)

コードはあまりみないのでなれないと思います。ですので、簡単にまとめます。
dicom形式のmri画像をflairモダリティをt1,t2から作成しています。
つまり、画像が３つ重なっていて、それをresampleしてるってことです。

shapeがあっていればいいのではないのですか？
よくわかりかねます。そのあたりが、グレイスケールに変更しているのにも関わらずです.

reader = sitk.ImageSeriesReader()
reader.LoadPrivateTagsOn()
def resample(image, ref_image):

    resampler = sitk.ResampleImageFilter()
    resampler.SetReferenceImage(ref_image)
    resampler.SetInterpolator(sitk.sitkLinear)
    
    resampler.SetTransform(sitk.AffineTransform(image.GetDimension()))

    resampler.SetOutputSpacing(ref_image.GetSpacing())

    resampler.SetSize(ref_image.GetSize())

    resampler.SetOutputDirection(ref_image.GetDirection())

    resampler.SetOutputOrigin(ref_image.GetOrigin())

    resampler.SetDefaultPixelValue(image.GetPixelIDValue())

    resamped_image = resampler.Execute(image)
    
    return resamped_image
%%time
# filenamesDICOM = reader.GetGDCMSeriesFileNames(f'{train_path}/{train_dirs[2]}/T1w')
filenamesDICOM = reader.GetGDCMSeriesFileNames(f'{train_path}/00524/T1w')

reader.SetFileNames(filenamesDICOM)
t1_sitk = reader.Execute()

filenamesDICOM = reader.GetGDCMSeriesFileNames(f'{train_path}/00524/FLAIR')
# filenamesDICOM = reader.GetGDCMSeriesFileNames(f'{train_path}/{train_dirs[2]}/FLAIR')
reader.SetFileNames(filenamesDICOM)
flair_sitk = reader.Execute()

# filenamesDICOM = reader.GetGDCMSeriesFileNames(f'{train_path}/{train_dirs[2]}/T2w')
filenamesDICOM = reader.GetGDCMSeriesFileNames(f'{train_path}/00524/T2w')

reader.SetFileNames(filenamesDICOM)
t2_sitk = reader.Execute()

flair_resampled = resample(flair_sitk, t1_sitk)
t2_resampled = resample(t2_sitk, t1_sitk)

t1_sitk_array = normalize(sitk.GetArrayFromImage(t1_sitk))
flair_resampled_array = normalize(sitk.GetArrayFromImage(flair_resampled))
t2_resampled_array = normalize(sitk.GetArrayFromImage(t2_resampled))

stacked = np.stack([t1_sitk_array, t2_resampled_array, flair_resampled_array,])

to_rgb = stacked[:,t1_sitk_array.shape[0]//2,:,:].transpose(1,2,0)
im = Image.fromarray((to_rgb * 255).astype(np.uint8))

該当のソースコード

import cv2
import numpy as np

# #画像をRGBからグレースケールに変更
gray_img = cv2.cvtColor(to_rgb, cv2.COLOR_RGB2GRAY)
#  cv2.COLOR_BGR2GRAY

#ヒストグラム平坦化
# hist_img = cv2.equalizeHist(gray_img)
hist_img = cv2.equalizeHist(gray_img)

#処理後の画像を保存
# cv2.imwrite('x-ray_hist.png', hist_img)
plt.imshow(hist_img)

試したこと

1,shape確認
2,version確認(簡単な画像検証)
3,エラーをコピペしましても該当加所なし

補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

ここにより詳細な情報を記載してください。

Python3 (3.7.4)
Jupyter Lab version 1.1.4
macbookpro 16

でーたの追加
こちらのtrainのなかにあります。

Comments

[ppaul]

質問を編集して元の画像を載せてください。

[bsdfan]

to_rgbはどうやって作ったものですか？
エラーに出ている Unsupported depth of input image で検索すればわかりますが、原因は型にありそうです。

[Deep_passion]

作り方を載せました。dicom関連です。

[Deep_passion]

---------------------------------------------------------------------------
error Traceback (most recent call last)
/tmp/ipykernel_42/4079014736.py in <module>
17 #処理後の画像を保存
18 # cv2.imwrite('x-ray_hist.png', hist_img)
---> 19 cv2.imshow(hist_img)

error: OpenCV(4.5.3) :-1: error: (-5:Bad argument) in function 'imshow'
> Overload resolution failed:
> - imshow() missing required argument 'mat' (pos 2)
> - imshow() missing required argument 'mat' (pos 2)
> - imshow() missing required argument 'mat' (pos 2)
エラーがでました。

[Deep_passion]

---------------------------------------------------------------------------
error Traceback (most recent call last)
/tmp/ipykernel_42/182205083.py in <module>
16 #処理後の画像を保存
17 # cv2.imwrite('x-ray_hist.png', hist_img)
---> 18 cv2.imshow('hist_img', hist_img)

error: OpenCV(4.5.3) /tmp/pip-req-build-fvfwe_ss/opencv/modules/highgui/src/window.cpp:1274: error: (-2:Unspecified error) The function is not implemented. Rebuild the library with Windows, GTK+ 2.x or Cocoa support. If you are on Ubuntu or Debian, install libgtk2.0-dev and pkg-config, then re-run cmake or configure script in function 'cvShowImage'

[Deep_passion]

一番さいごのぶ部にございます。

Answer 1

bsdfanさんが書かれているとおり、dtypeの問題です。

以下のように変更して動かしてみてください。

import cv2
import numpy as np

to_rgb_8 = (to_rgb * 255).astype(np.uint8)

# #画像をRGBからグレースケールに変更
gray_img = cv2.cvtColor(to_rgb_8, cv2.COLOR_RGB2GRAY)
#  cv2.COLOR_BGR2GRAY

#ヒストグラム平坦化
# hist_img = cv2.equalizeHist(gray_img)
hist_img = cv2.equalizeHist(gray_img)

#処理後の画像を保存
# cv2.imwrite('x-ray_hist.png', hist_img)
cv2.imshow('hist_img', hist_img)