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Pythonは、コードの読みやすさが特徴的なプログラミング言語の1つです。 強い型付け、動的型付けに対応しており、後方互換性がないバージョン2系とバージョン3系が使用されています。 商用製品の開発にも無料で使用でき、OSだけでなく仮想環境にも対応。Unicodeによる文字列操作をサポートしているため、日本語処理も標準で可能です。

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biopythonなしでのローカルblastの実行方法

akapera1143

総合スコア2

Python

Pythonは、コードの読みやすさが特徴的なプログラミング言語の1つです。 強い型付け、動的型付けに対応しており、後方互換性がないバージョン2系とバージョン3系が使用されています。 商用製品の開発にも無料で使用でき、OSだけでなく仮想環境にも対応。Unicodeによる文字列操作をサポートしているため、日本語処理も標準で可能です。

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投稿2021/09/12 10:42

タイトルの通りbiopythonなしでローカルblastを実行したいのですが、方法が検討もつかなくて困っています。

一応ローカルblastが実行出来る環境は整えてあり、コマンドラインにqueryを渡すことで類似度を確かめられます。

ここからpythonを使ってローカルblastを実行してワチャワチャしたいのですが、コマンドプロンプトで実行するblastとpythonをどうリンクさせるのかが分からなく、全く方針が浮かびません…。

具体的には作成するpyファイルのコマンドライン引数として任意のデータベースを与えてblastを実行するようなコードを書きたいと思っています。

説明不足な点がありましたらご指摘して下さると助かります。よろしくお願いいたします。

環境
Windows10
Python3.8.5

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回答1

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自己解決

osとかsubprocessなどを使うことで外部プログラムをPythonでも実行できるらしいです。

投稿2021/09/13 10:34

akapera1143

総合スコア2

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