BMLiNGAMのインストールができない（Mac OS）

Question

BMLiNGAM（https://note.com/dd_techblog/n/n4255b7ac93ed）
を参考にBM LiNGAMをインストールしていたのですが、途中で失敗してしまいました。

こちらの記事はGoogle Colab なのですが、ローカルで行いたいため手元のJupyter notebookで行っています。
環境：Mac

質問は以下です。

ここに言語を入力
①/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/bmlingam/commands/bmlingam_causality.py
のような変更するファイルまでのパスが間違っている
→正しいパスが知りたい。

②"/content/drive/My Drive/projects/BMLiNGAM/BMLiNGAM-0.1.5-py2.py3-none-any.whl"をダウンロードする際、ダウンロード元のサイト（https://taku-y.github.io/bmlingam/installation.html）に、
以下のパスがあることが前提、と書かれている。

export ANACONDA_DIR=$HOME/anaconda # where anaconda is installed
export PATH=$ANACONDA_DIR:$PATH
export PATH=$ANACONDA_DIR/bin:$PATH
export PYTHONPATH=$ANACONDA_DIR:$PATH

→やり方を教えて欲しい

1. インストール
BMLiNGAM-0.1.5-py2.py3-none-any.whlを実行するnotebookと同じフォルダに入れ、

from google.colab import drive
drive.mount('/content/drive')

#Gdriveにアップしたwhlファイルを実行してBMLiNGAMをインストールする
!pip install "/content/drive/My Drive/projects/BMLiNGAM/BMLiNGAM-0.1.5-py2.py3-none-any.whl"

#ライブラリのバージョン指定
!pip install scipy==1.2.1
については、
Python3
pip install BMLiNGAM-0.1.5-py2.py3-none-any.whl
とすることで実行できています。

2 コード修正

Python3
# コマンドライン実行のコード修正
!sed -i -e '278 s/df.as_matrix()/df.values/g' /usr/local/lib/python3.6/dist-packages/bmlingam/commands/bmlingam_causality.py

# BMLiNGAMの因果係数推定のコード修正
!sed -i -e '11 s/estimate_coeff_posterior/bmlingam_coeff/g' /usr/local/bin/bmlingam-coeff
!sed -i -e '17 s/estimate_coeff_posterior/bmlingam_coeff/g' /usr/local/bin/bmlingam-coeff
!sed -i -e '412 s/Model(verbose=verbose)/Model()/g' /usr/local/lib/python3.6/dist-packages/bmlingam/bmlingam_pm3.py

がうまくいっていません。

error message
sed: /Applications/anaconda3/lib/python3.8/dist-packages/bmlingam/commands/bmlingam_causality.py: No such file or directory

また、そもそも

# 人工的にデータを生成する。動作確認用なので、実データで試すときは不要。
!bmlingam-make-testdata --csv_file=sampledata.csv

に対しても

raceback (most recent call last):
  File "/Applications/anaconda3/bin/bmlingam-make-testdata", line 11, in <module>
    from bmlingam.commands.bmlingam_make_testdata \
  File "/Applications/anaconda3/lib/python3.8/site-packages/bmlingam/__init__.py", line 13, in <module>
    from bmlingam.find_best_model import find_best_model
  File "/Applications/anaconda3/lib/python3.8/site-packages/bmlingam/find_best_model.py", line 10, in <module>
    from bmlingam.cache_mc import create_cache_source
  File "/Applications/anaconda3/lib/python3.8/site-packages/bmlingam/cache_mc.py", line 12, in <module>
    from bmlingam.prob import sample_gg, multivariatet
  File "/Applications/anaconda3/lib/python3.8/site-packages/bmlingam/prob.py", line 15, in <module>
    from theano.gof import Op, Apply
ModuleNotFoundError: No module named 'theano.gof'

と出ているのでうまくインストールができていないのかもしれません。

import sys
sys.path

の結果は

['/Users/(ユーザー名)/Desktop/（作業ディレクトリ）/allcolumns_filled',
 '/Applications/anaconda3/lib/python38.zip',
 '/Applications/anaconda3/lib/python3.8',
 '/Applications/anaconda3/lib/python3.8/lib-dynload',
 '',
 '/Applications/anaconda3/lib/python3.8/site-packages',
 '/Applications/anaconda3/lib/python3.8/site-packages/aeosa',
 '/Applications/anaconda3/lib/python3.8/site-packages/locket-0.2.1-py3.8.egg',
 '/Applications/anaconda3/lib/python3.8/site-packages/IPython/extensions',
 '/Users/（ユーザー名）/.ipython']

となっています。

理由として考えられるのが、
①/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/bmlingam/commands/bmlingam_causality.py
のような変更するファイルまでのパスが間違っている
→正しいパスが知りたい。

②"/content/drive/My Drive/projects/BMLiNGAM/BMLiNGAM-0.1.5-py2.py3-none-any.whl"をダウンロードする際、ダウンロード元のサイト（https://taku-y.github.io/bmlingam/installation.html）に、
以下のパスがあることが前提、と書かれている。
export ANACONDA_DIR=$HOME/anaconda # where anaconda is installed
export PATH=$ANACONDA_DIR:$PATH
export PATH=$ANACONDA_DIR/bin:$PATH
export PYTHONPATH=$ANACONDA_DIR:$PATH
→やり方を教えて欲しい。

結局は以上の2点がわかれば解決すると思います。
よろしくお願いいたします。

Comments

[jbpb0]

①について

> pip install BMLiNGAM-0.1.5-py2.py3-none-any.whl

で入れたのなら、

pip show BMLiNGAM

を実行してみてください

もしそんな名前のパッケージは無いみたいに表示されたら、

pip list

でそれっぽい名前のもの(たとえば「bmlingam」とか)を探して、それで

pip show...

を実行してみてください

ちゃんと実行できたら、いろいろ表示されますが、その中に「Location:」で始まる行があるので、そこに書かれてるパスの場所を調べてみてください
「bmlingam」とか「BMLiNGAM」とか、それっぽいので始まる名前のディレクトリがあるはずです
見つかったら、その中を調べてみてください
探してるファイルは、そこらにあると思います

【追記】
「/Applications/anaconda3/lib/python3.8/site-packages」に「bmlingam」とか「BMLiNGAM」とか、それっぽいので始まる名前のディレクトリがあれば、その中を調べてください

「/usr/local/lib/python3.6/dist-packages」を「/Applications/anaconda3/lib/python3.8/site-packages」と読み替えたら、行けそうな気がする

[jbpb0]

②について

> export ANACONDA_DIR=$HOME/anaconda # where anaconda is installed
export PATH=$ANACONDA_DIR:$PATH
export PATH=$ANACONDA_DIR/bin:$PATH
export PYTHONPATH=$ANACONDA_DIR:$PATH

は、PythonがAnaconda版であることが前提ですが、質問者さんがMacで使ってるPythonはAnacondaでしょうか？

【追記】
質問を読み返したら、Anacondaをお使いのようですね
失礼しました

Anacondaが「/Applications/anaconda3」に入ってるなら、一行目は

export ANACONDA_DIR=$HOME/anaconda
↓ 変更
export ANACONDA_DIR=/Applications/anaconda3

と変えて、一行目以外はそのまま実行したら行けそうな気がする

もしAnacondaが入ってる場所が違うなら、一行目はそれに合わせて変えてください
その場合でも、一行目以外はそのままで大丈夫だと思います

[umimarine]

返信が遅れてしまいまして申し訳ございません。
こちらの方法で解決できました。
ありがとうございました。
解決法とさせていただきたのですが再追記修正依頼となっているために操作ができておりません。
申し訳ございませんが、解決法のところに再掲していただけましたら、解決法にさせていただけます。
宜しくお願いいたします。

Answer 1

①について
「/Applications/anaconda3/lib/python3.8/site-packages」に「bmlingam」とか「BMLiNGAM」とか、それっぽいので始まる名前のディレクトリがあれば、その中を調べてください
もしそこにあれば、
「/usr/local/lib/python3.6/dist-packages」
を
「/Applications/anaconda3/lib/python3.8/site-packages」
と読み替えてみてください

②について
Anacondaが「/Applications/anaconda3」に入ってるなら、一行目を
「export ANACONDA_DIR=/Applications/anaconda3」
と変えて、一行目以外はそのままで実行してみてください
もしAnacondaが入ってる場所が違うなら、それに合わせて変えてください