質問をすることでしか得られない、回答やアドバイスがある。

15分調べてもわからないことは、質問しよう!

新規登録して質問してみよう
ただいま回答率
85.46%
RStudio

RStudioは、Rのプログラミングを効率化する統合開発環境です。統計計算とグラフィックスができるプログラミング言語であるRのIDEでOSSで公開されています。ソースコードやコンソールなどが一つの画面に見やすく配置されている点が特徴。コマンド名以外に、関数名やパッケージ名も補完できます。

R

R言語は、「S言語」をオープンソースとして実装なおした、統計解析向けのプログラミング言語です。 計算がとても速くグラフィックも充実しているため、数値計算に向いています。 文法的には、統計解析部分はS言語を参考にしており、データ処理部分はSchemeの影響を受けています。 世界中の専門家が開発に関わり、日々新しい手法やアルゴリズムが追加されています。

GitHub

GitHubは、Gitバージョン管理システムを利用したソフトウェア開発向けの共有ウェブサービスです。GitHub商用プランおよびオープンソースプロジェクト向けの無料アカウントを提供しています。

Q&A

解決済

1回答

3567閲覧

'description' 引数が不正というエラーの解決方法

paikuhan2011

総合スコア1

RStudio

RStudioは、Rのプログラミングを効率化する統合開発環境です。統計計算とグラフィックスができるプログラミング言語であるRのIDEでOSSで公開されています。ソースコードやコンソールなどが一つの画面に見やすく配置されている点が特徴。コマンド名以外に、関数名やパッケージ名も補完できます。

R

R言語は、「S言語」をオープンソースとして実装なおした、統計解析向けのプログラミング言語です。 計算がとても速くグラフィックも充実しているため、数値計算に向いています。 文法的には、統計解析部分はS言語を参考にしており、データ処理部分はSchemeの影響を受けています。 世界中の専門家が開発に関わり、日々新しい手法やアルゴリズムが追加されています。

GitHub

GitHubは、Gitバージョン管理システムを利用したソフトウェア開発向けの共有ウェブサービスです。GitHub商用プランおよびオープンソースプロジェクト向けの無料アカウントを提供しています。

0グッド

0クリップ

投稿2021/08/12 05:40

前提・実現したいこと

Rstudioを用いてHRDスコアを算出するscarHRDというプログラムを動かしています。
サンプルデータでは動くのですが、自分のデータを用いると以下のエラーメッセージが発生しました。

発生している問題・エラーメッセージ

gzfile(file, "rb") でエラー: 'description' 引数が不正です

該当のソースコード

Rstudio

1JGAD059_003_small2.seqz <- read.delim("D:/Users/khiranum/Desktop/scarHRD/JGAD059_003_small2.seqz.gz") 2scar_score(JGAD059_003_small2.seqz,reference = "grch38",seqz = TRUE)

試したこと

入力元のgz fileを解凍して動かしても同様のエラーが出てしまう。
githubのscarHRDのIssuesを見ても同様のエラーはでていない。
githubのscarHRDのIssuesはあまり回答が得られていない。

補足情報(FW/ツールのバージョンなど)

R version 4.0.5 を使用

気になる質問をクリップする

クリップした質問は、後からいつでもMYページで確認できます。

またクリップした質問に回答があった際、通知やメールを受け取ることができます。

バッドをするには、ログインかつ

こちらの条件を満たす必要があります。

guest

回答1

0

ベストアンサー

使おうとしているのがhttps://github.com/sztup/scarHRDだとすると、
scar_score()の第1引数にはファイル名を指定しなければならないのでは?

次から、質問するときは使用OSやライブラリは明記するようにしてください。というかsessionInfo()の結果を貼り付けてください。

投稿2021/08/12 07:00

KojiDoi

総合スコア13671

バッドをするには、ログインかつ

こちらの条件を満たす必要があります。

paikuhan2011

2021/08/13 00:14

ありがとうございます。 上手く動きました。 学生でRも初心者なので、質問事項に不備があって申し訳ありません。
guest

あなたの回答

tips

太字

斜体

打ち消し線

見出し

引用テキストの挿入

コードの挿入

リンクの挿入

リストの挿入

番号リストの挿入

表の挿入

水平線の挿入

プレビュー

15分調べてもわからないことは
teratailで質問しよう!

ただいまの回答率
85.46%

質問をまとめることで
思考を整理して素早く解決

テンプレート機能で
簡単に質問をまとめる

質問する

関連した質問