Q&A
前提・実現したいこと
Rstudioを用いてHRDスコアを算出するscarHRDというプログラムを動かしています。
サンプルデータでは動くのですが、自分のデータを用いると以下のエラーメッセージが発生しました。
発生している問題・エラーメッセージ
gzfile(file, "rb") でエラー: 'description' 引数が不正です
該当のソースコード
Rstudio
1JGAD059_003_small2.seqz <- read.delim("D:/Users/khiranum/Desktop/scarHRD/JGAD059_003_small2.seqz.gz") 2scar_score(JGAD059_003_small2.seqz,reference = "grch38",seqz = TRUE)
試したこと
入力元のgz fileを解凍して動かしても同様のエラーが出てしまう。
githubのscarHRDのIssuesを見ても同様のエラーはでていない。
githubのscarHRDのIssuesはあまり回答が得られていない。
補足情報（FW/ツールのバージョンなど）
R version 4.0.5 を使用
回答1件
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ベストアンサー
使おうとしているのがhttps://github.com/sztup/scarHRDだとすると、
scar_score()の第1引数にはファイル名を指定しなければならないのでは？
次から、質問するときは使用OSやライブラリは明記するようにしてください。というかsessionInfo()の結果を貼り付けてください。
投稿2021/08/12 07:00
総合スコア13692
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2021/08/13 00:14