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RStudioは、Rのプログラミングを効率化する統合開発環境です。統計計算とグラフィックスができるプログラミング言語であるRのIDEでOSSで公開されています。ソースコードやコンソールなどが一つの画面に見やすく配置されている点が特徴。コマンド名以外に、関数名やパッケージ名も補完できます。

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R言語は、「S言語」をオープンソースとして実装なおした、統計解析向けのプログラミング言語です。 計算がとても速くグラフィックも充実しているため、数値計算に向いています。 文法的には、統計解析部分はS言語を参考にしており、データ処理部分はSchemeの影響を受けています。 世界中の専門家が開発に関わり、日々新しい手法やアルゴリズムが追加されています。

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1回答

4355閲覧

'description' 引数が不正というエラーの解決方法

paikuhan2011

総合スコア1

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投稿2021/08/12 05:40

前提・実現したいこと

Rstudioを用いてHRDスコアを算出するscarHRDというプログラムを動かしています。
サンプルデータでは動くのですが、自分のデータを用いると以下のエラーメッセージが発生しました。

発生している問題・エラーメッセージ

gzfile(file, "rb") でエラー: 'description' 引数が不正です

該当のソースコード

Rstudio

1JGAD059_003_small2.seqz <- read.delim("D:/Users/khiranum/Desktop/scarHRD/JGAD059_003_small2.seqz.gz") 2scar_score(JGAD059_003_small2.seqz,reference = "grch38",seqz = TRUE)

試したこと

入力元のgz fileを解凍して動かしても同様のエラーが出てしまう。
githubのscarHRDのIssuesを見ても同様のエラーはでていない。
githubのscarHRDのIssuesはあまり回答が得られていない。

補足情報(FW/ツールのバージョンなど)

R version 4.0.5 を使用

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回答1

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ベストアンサー

使おうとしているのがhttps://github.com/sztup/scarHRDだとすると、
scar_score()の第1引数にはファイル名を指定しなければならないのでは?

次から、質問するときは使用OSやライブラリは明記するようにしてください。というかsessionInfo()の結果を貼り付けてください。

投稿2021/08/12 07:00

KojiDoi

総合スコア13692

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paikuhan2011

2021/08/13 00:14

ありがとうございます。 上手く動きました。 学生でRも初心者なので、質問事項に不備があって申し訳ありません。
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