import vtk ができない

Question

Pythonを使用して3次元データの可視化を試みています.

最終的にはmayaviを使用して3次元化したいのですが, その前の段階でつまづいています.
mayaviのサイト(https://mayavi.readthedocs.io/ja/latest/installation.html)を確認したところ, Conda-forge によるインストールという項目があったのでこれに従いインストールを試みました.

$ conda install vtk
$ conda create --name pyforge python=3.6
$ conda config --add channels conda-forge
$ activate pyforge
$ conda install vtk
$ conda install pyqt=5
$ conda install mayavi

(python 3.6にしたのは, 現在主に使用しているのが3系であり, 最新バージョンではない方が良い気がしたためです.
また, pyqt=4でインストールしようとしたところエラーが出たため, 5をインストールしています. )

こちらのinstallは滞りなく成功したのですが, いざ仮想環境(pyforge)からSpyderを開いて
import vtk
をしたころを,
ModuleNotFoundError: No module named 'vtkCommonCorePython'
と表示されました.

mayaviの方も試したところ,
import mayavi
を走らせると, IPython コンソール上に
Changing backend to Qt for Mayavi
と表示されはするのですが, 別ウィンドウで何か上がってくるわけでもありません.

https://mayavi.readthedocs.io/ja/latest/mlab.html
こちらを参考に以下のようなデモのコードを走らせてみたところ,

# Create the data.
from numpy import pi, sin, cos, mgrid
dphi, dtheta = pi/250.0, pi/250.0
[phi,theta] = mgrid[0:pi+dphi*1.5:dphi,0:2*pi+dtheta*1.5:dtheta]
m0 = 4; m1 = 3; m2 = 2; m3 = 3; m4 = 6; m5 = 2; m6 = 6; m7 = 4;
r = sin(m0*phi)**m1 + cos(m2*phi)**m3 + sin(m4*theta)**m5 + cos(m6*theta)**m7
x = r*sin(phi)*cos(theta)
y = r*cos(phi)
z = r*sin(phi)*sin(theta)

# View it.
from mayavi import mlab
s = mlab.mesh(x, y, z)
mlab.show()

ModuleNotFoundError: No module named 'importlib_resources'
というエラーコードが出てきました.

インストールまではうまくいっていると思うのですが, 実際のimportができていない状況です.
何か心当たりがあればご回答よろしくお願いいたします.

プログラミング環境
windows10 64bit
Anaconda3
python 3.8.8(root) 3.6(仮想環境)
spyder 4.2.5(root) 5.0.5(仮想環境)

追記
ご指摘いただいたエラーメッセージを追加いたします.

<import vtk> import vtk Traceback (most recent call last):

File "C:\Users\yoosuk\anaconda3\envs\pyforge\lib\site-packages\vtkmodules\vtkCommonCore.py", line 5, in <module>
from .vtkCommonCorePython import *

ImportError: DLL load failed: 指定されたモジュールが見つかりません。

During handling of the above exception, another exception occurred:

Traceback (most recent call last):

File "<ipython-input-1-7c7f66f02cd3>", line 1, in <module>
import vtk

File "C:\Users\yoosuk\anaconda3\envs\pyforge\lib\site-packages\vtk.py", line 32, in <module>
all_spec.loader.exec_module(all_m)

File "C:\Users\yoosuk\anaconda3\envs\pyforge\lib\site-packages\vtkmodules\all.py", line 7, in <module>
from .vtkCommonCore import *

File "C:\Users\yoosuk\anaconda3\envs\pyforge\lib\site-packages\vtkmodules\vtkCommonCore.py", line 9, in <module>
from vtkCommonCorePython import *

ModuleNotFoundError: No module named 'vtkCommonCorePython'

<from mayavi import mlab> from mayavi import mlab MayaviのバックエンドをQtに変更しています Traceback (most recent call last):

File "<ipython-input-2-67847bc6bfd0>", line 1, in <module>
from mayavi import mlab

File "C:\Users\yoosuk\anaconda3\envs\pyforge\lib\site-packages\mayavi\mlab.py", line 16, in <module>
from mayavi.tools.camera import view, roll, yaw, pitch, move

File "C:\Users\yoosuk\anaconda3\envs\pyforge\lib\site-packages\mayavi\tools\camera.py", line 24, in <module>
from .engine_manager import get_engine

File "C:\Users\yoosuk\anaconda3\envs\pyforge\lib\site-packages\mayavi\tools\engine_manager.py", line 12, in <module>
from mayavi.preferences.api import preference_manager

File "C:\Users\yoosuk\anaconda3\envs\pyforge\lib\site-packages\mayavi\preferences\api.py", line 4, in <module>
from .preference_manager import preference_manager

File "C:\Users\yoosuk\anaconda3\envs\pyforge\lib\site-packages\mayavi\preferences\preference_manager.py", line 29, in <module>
from traitsui.api import View, Group, Item

File "C:\Users\yoosuk\anaconda3\envs\pyforge\lib\site-packages\traitsui\api.py", line 261, in <module>
from .editors.api import (

File "C:\Users\yoosuk\anaconda3\envs\pyforge\lib\site-packages\traitsui\editors_init_.py", line 20, in <module>
from .api import (

File "C:\Users\yoosuk\anaconda3\envs\pyforge\lib\site-packages\traitsui\editors\api.py", line 107, in <module>
from .list_str_editor import ListStrEditor

File "C:\Users\yoosuk\anaconda3\envs\pyforge\lib\site-packages\traitsui\editors\list_str_editor.py", line 14, in <module>
from pyface.image_resource import ImageResource

File "C:\Users\yoosuk\anaconda3\envs\pyforge\lib\site-packages\pyface\image_resource.py", line 19, in <module>
ImageResource = toolkit_object("image_resource:ImageResource")

File "C:\Users\yoosuk\anaconda3\envs\pyforge\lib\site-packages\pyface\base_toolkit.py", line 152, in call
module = import_module(mname, package)

File "C:\Users\yoosuk\anaconda3\envs\pyforge\lib\importlib_init_.py", line 126, in import_module
return _bootstrap._gcd_import(name[level:], package, level)

File "C:\Users\yoosuk\anaconda3\envs\pyforge\lib\site-packages\pyface\ui\qt4\image_resource.py", line 25, in <module>
from pyface.i_image_resource import IImageResource, MImageResource

File "C:\Users\yoosuk\anaconda3\envs\pyforge\lib\site-packages\pyface\i_image_resource.py", line 14, in <module>
from pyface.resource_manager import resource_manager

File "C:\Users\yoosuk\anaconda3\envs\pyforge\lib\site-packages\pyface\resource_manager.py", line 14, in <module>
from pyface.resource.api import ResourceManager

File "C:\Users\yoosuk\anaconda3\envs\pyforge\lib\site-packages\pyface\resource\api.py", line 13, in <module>
from .resource_manager import ResourceManager

File "C:\Users\yoosuk\anaconda3\envs\pyforge\lib\site-packages\pyface\resource\resource_manager.py", line 20, in <module>
from importlib_resources import files

ModuleNotFoundError: No module named 'importlib_resources'

#追記
jbpb0さんのご指摘の通り,
conda install importlib_resources
を実行したところ, import mayaviでこ上記のエラーは出なくなりましたが,
import vtkを実行したときと同様の下記のエラーが出てくるようになりました.

File "C:\Users\yoosuk\anaconda3\envs\pyforge\lib\site-packages\vtkmodules\vtkCommonCore.py", line 5, in <module>
from .vtkCommonCorePython import *

ImportError: DLL load failed: 指定されたモジュールが見つかりません。

こちらの解決方法についてわかる方がいましたらご回答よろしくお願いいたします.

Comments

[jbpb0]

> ModuleNotFoundError: No module named 'vtkCommonCorePython'

や

> ModuleNotFoundError: No module named 'importlib_resources'

の上にいろいろ表示されてると思うので、それぞれの「Traceback」と書かれてるところから下の部分を質問に記載してください

[pusokungo]

ご回答ありがとうございます.
質問欄下部に追記いたしました.

[jbpb0]

当方のMacのAnacondaに、conda-forgeを使わず普通に

conda install vtk

でインストールしてから、Pythonで

import vtk

を実行したら、下記のエラーが出ました

ImportError: dlopen(/Users/XXX/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/vtkmodules/vtkIOParallelPython.so, 2): Library not loaded: @rpath/libjsoncpp.19.dylib

「libjsoncpp.19.dylib」を読み込めないので「vtkIOParallelPython」をインポートできない、というものです

それよりも下に「No module named ‘vtkIOParallelPython'」というエラーも書かれてましたが、その原因は上記なので、Anacondaをインストールしてるパス内を調べたら、「libjsoncpp.24.dylib」はありましたが、「libjsoncpp.19.dylib」はありませんでした

そこで、

conda install jsoncpp==1.8.4

でバージョンがちょっと古いのに入れ換えたら、「libjsoncpp.19.dylib」が入り、Pythonで

import vtk

を実行してもエラーが出なくなりました

質問に書かれている

> from .vtkCommonCorePython import *
ImportError: DLL load failed: 指定されたモジュールが見つかりません。

も同様に、DLLを読み込めない原因を突き止めて対策すれば直ると思いますよ
MacとWindowsの違いや、conda-forgeを使うかどうかという違いがあるので、原因(足りないファイル)が当方と同じかどうかは分からないので、有効な対策は異なるかもしれませんが

[jbpb0]

上記の通り、当方のMacのAnacondaではPythonで

import vtk

を実行してもエラーが出なくなったので、こちらもconda-forgeを使わず普通に

conda install mayavi

でインストールしてから、Pythonで

from mayavi import mlab

を実行したら「No module named ‘importlib_resources'」というエラーが出たので、それも(conda-forgeを使わず)

conda install importlib_resources

でインストールしたら、Pythonで

from mayavi import mlab

を実行してもエラーが出なくなり、質問に記載の「デモのコード」も実行できました

なお、当方のMacのAnacondaには、既に「pyqt」が入っていたので、pyqt=4, 5はどちらも今回は追加してません
Anacondaインストール時から入っていたのか、それとも何かを入れたときにいっしょに入ったのか、は憶えてません

[pusokungo]

ありがとうございます.
conda install importlib_resourcesを試したところ, インストール完了し, 「No module named ‘importlib_resources'」のエラーは出なくなりました.

代わりにimport vtkをした時とまったく同じエラーが吐き出されました.
> from .vtkCommonCorePython import *
ImportError: DLL load failed: 指定されたモジュールが見つかりません。
こちらの原因について調べているのですが, なかなか有効な手段が見つかりません...

Answer 1

色々試したところ, 以下の方法で成功したので記載します.
仮想環境はpython3.6で構築しています.

#解決法

・すでにimportされていたvtk, mayavi, pyqt5をすべてuninstall.
$ conda uninstall (module名)

・vtkを古いバージョンでインストール
$ conda install vtk=7.1.1

・pyqt5をインストール
$ conda install pyqt=5

・mayaviをインストール
$ pip install mayavi

mayaviに関しては最初に, conda install mayaviや, conda install mayavi=4.5.0 を試したのですがうまくいかなかったので, pipで試したところ偶然成功しました. また, 7.1.1でインストールしたはずのvtkが, mayaviをインストール後に9.0.3にアップグレードされていました. (mayaviインストール時に引っ張られるようにアップグレードされた？)
とにかく, 目的のデモコードも無事に動き, 別ウィンドウで３次元グラフが表示されたので安心しました.
今回ご助言をいただいたjbpb0さん, ありがとうございました. 大変助かりました.

#追記
上手くいかなかったのは, python, vtk, mayaviのお互いのバージョン互換の影響ではないかと考えています. (python3.8ではできないかも？)インストール時にバージョンを入力しないと自動的に最新バージョンがインストールされるようなので, これからうまくいかないときはまず古いバージョンのインストールを試してみると良いかと思います.
今回色々試していて, python3.5の仮想環境も試したのですが, python3.5ではconda install~でvtk もmayaviもすんなりインストールできましたが, デモコードにある
$ from mayavi import mlab
がうまく動作しなかったりと, 苦戦しました.
今後時間をおいてpythonのバージョンに対応してきた頃合いを見てpython3.8でのインストールも行ってみようと思います.

Answer 2

Pythonのライブラリ(モジュール)はPythonごとに入ります。
Anaconda3のpython 3.8.8にvtkを入れても、3.6には入りませんし使えません。
3.6で使いたいなら、そちらにvtkをインストールする必要があります。

Comments

[pusokungo]

ご回答ありがとうございます。
Anaconda promptから仮想環境のpyforge(python3.6)をactivate して、そちらでconda installe〜をしたのですがそれではダメなのでしょうか。