RのFor loopで文字列上の"i"をループに組み込みたい

Question

前提・実現したいこと

Rのfor loopについて質問があります。

例えば、このような4つのコードをfor loopで簡略化したいです。

c1 <- tajima.test(data_snps[cluster1_acc,])
c2 <- tajima.test(data_snps[cluster2_acc,])
c3 <- tajima.test(data_snps[cluster3_acc,])
c4 <- tajima.test(data_snps[cluster4_acc,])

一旦このようにしてループを書いてみました。

for (i in 1:4){
 ci <- tajima.test(data_snps[cluteri_acc,])}

しかし、"i"はデータフレーム名として認識されてループに組み込むことが出来ません。
このように、文字の上にあるiをloopのものと認識させる方法はあるのでしょうか？

clusterX_accにはいくつかの数値 (e.g. 1, 3, 5) が入っています。

試したこと

paste0を使用して、clusterX_accの部分を

test <- paste0("cluster",i,"_acc")
c1 <- tajima.test(data_snps[test,])

のように無理やり組み込んでも、testはあくまで"clster1_acc"という文字列のため、このデータフレームが持っている数字の情報は引続ことが出来ません。

他の関数も試してみましたが、どれもうまくいきませんでした…
なにか()や[]などの記号を使って"i"をループに組み込むことは出来るのでしょうか。

Answer 1

変数名を動的に扱うことは諦めました。y_waiwaiさんのアドバイス通り、データを1つのフレームに集めてインデックスを動的にして抽出する方法を選びました。

さらに、列数がデータごとに異なる問題も、あえて多めにlengthを取ってNAを含ませることで列数を統一して、cbindでデータを合体させる方法を思いつきました。

最終的なコードは次のようになります。

for(i in 1:best){
indv <- c(df[df$cluster==i,]$individual])
length(indv) = 10
cluster_indv <- cbind(cluster_indv,indv)
}

質問内容に書いたコードよりも上流にある部分を改善した形です。

Answer 2

初心者の方の変数名を動的に変えたい、という質問が多いですが、
これはできません、ってかしないほうがいいです。

あっさり配列かリストにして実装し、インデックスでループ回しましょう

＃pythonなんかのインタプリタ系言語ではできんこともない、ですが、それでも推奨はされません

Comments

[Sota_KATO]

早速のご返信ありがとうございます。
なるほど… データをリストにしてしまえばlist[i]といった感じで使えますね！

リストのためのコードを書いてみました。
```
best <- which.min(test) # bestは集団の数で、コードを走らせるごとに異なってしまいます
for(i in 1:best){
cluster <- list(cluster, df[df$name==i,])
}
```
しかし、ループを重ねるごとに、リスト内の番号が[1][1][1][2]といった分かりづらい表記になってしまいます。これを対策することは可能でしょうか？

[Sota_KATO]

それぞれのデータフレームごとにデータの数が異なるのでListに執着していましたが、NAをあえて含ませることで列数を揃えてcbindをする方法を思いつきました！！おかげで欲しい結果を得ることが出来ました。

y_waiwaiさんのアドバイスがなかったらもっと悩んでいたと思います。ありがとうございました！