RでDESEq2のインストールができません

Question

前提・実現したいこと

R (version 4.1.0)、R studio(Version 1.4.1717)環境下においてDESeq2 packageを用いてRNA-seqの解析を試みていますが、DESeq2のインストールが上手くいきません。(下記のエラーメッセージが出てきます)
どなたか解決法をご提案いただけますでしょうか？

発生している問題・エラーメッセージ

エラーメッセージ

install.packages("BiocManager")

URL 'https://cran.ism.ac.jp/bin/macosx/contrib/4.1/BiocManager_1.30.16.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 322920 bytes (315 KB)

downloaded 315 KB

The downloaded binary packages are in
/var/folders/05/1xgcxw6d0q15v4sk43_hv9hh0000gn/T//Rtmpcx7YTY/downloaded_packages

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))

• install.packages("BiocManager")
  

BiocManager::install("DESeq2")

'getOption("repos")' replaces Bioconductor standard repositories, see '?repositories' for details

replacement repositories:
CRAN: https://cran.ism.ac.jp/

Bioconductor version 3.13 (BiocManager 1.30.16), R 4.1.0 (2021-05-18)
警告: package(s) not installed when version(s) same as current; use force = TRUE to re-install: 'DESeq2'

試したこと

versionの違いかと思い、Rを再インストールしなおしましたが解決できませんでした。

補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

R version 4.1.0 (2021-05-18)
Platform: x86_64-apple-darwin17.0 (64-bit)
Running under: macOS Catalina 10.15.4

Answer 1

私はMacOSを持ってないので具体的な検証ができないのですが、一般論としてはこういう時は「エラーメッセージでググる」のが一つの有力な方法です。すると高確率でBioStarsとかStack Overflowとかの議論がヒットします。

https://support.bioconductor.org/p/9137098/#9137123

まずはここから試してみてはどうでしょうか。

Rではライブラリ、インストーラ、R本体のバージョン不適合による問題が結構頻繁に発生するので、組み合わせて使おうとするとしばしばハマることになります。Dockerで小さな環境を目的別に作って確保しておくのも手です。

Comments

[KenS]

ありがとうございます。結局ググることを繰り返しGenomeInfoDbDataというパッケージがインストールされていないことが原因でした。
BiocManager::install("GenomeInfoDbData")
にてインストール後は問題なくworkしました。