R Markdownで日本語pdf出力の方法が分かりません。

Question

R Markdownで日本語pdf出力の方法が分かりません。

R mark downで日本語文書をpdf出力したく、こちら↓のサイトを参考に設定したのですが、上手くいきません。
(参考にしたサイト)https://qiita.com/smina2018/items/0aaa56a448c95e87f6a7

具体的には、

"! LaTeX Error: Option clash for package geometry."

への対処で、このサイトで述べられている「pandocのtemplateファイル中のgeometry部分をコメントアウト.」の方法が分かりません。

書き換えるべきコード自体はこのサイトに載っているものを参考にすればいいと思うのですが、それ以前に"pandocのtemplateファイル中のgeometry部分"にアクセスする方法が分からないです。

わかる方がいれば教えて頂けるとありがたいです。

前提

利用環境: R studio ver.1.3
R にはtinytex,及び、日本語フォント（ipaex）をインストール済みです。

yalmヘッダーには以下のコードを記入しました。

output:
  pdf_document: 
    latex_engine: xelatex 
    number_sections: true
documentclass: bxjsarticle
header-includes: 
  - \usepackage{zxjatype} 
  - \usepackage[ipa]{zxjafont} 
geometry: no

Answer 1

Rの質問ということで見逃していましたが，多分ほとんどがlatexの知識なので回答してみます。

R言語は全く知らないので，あくまで推測です。
私はどちらかと言うとlatexは詳しくpandocは少し分かります。

参考にしたというサイトでエラー時のログを表示しているところがあります。
一行で分かりづらいので，コピペして何行かに分けて次に示します。

"C:/Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc" +RTS -K512m -RTS sample_fig_float_adjustment.utf8.md \
--to latex --from markdown+autolink_bare_uris+tex_math_single_backslash --output sample_fig_float_adjustment.tex \
--template "c:\Users\your_user_name_here\R\win-library\3.6\rmarkdown\rmd\latex\default-1.17.0.2.tex" \
--highlight-style tango --pdf-engine xelatex --include-in-header preamble_latex.tex \
--variable graphics=yes --lua-filter "c:/Users/your_user_name_here/R/win-library/3.6/rmarkdown/rmd/lua/pagebreak.lua" \
--lua-filter "c:/Users/your_user_name_here/R/win-library/3.6/rmarkdown/rmd/lua/latex-div.lua" --variable "compact-title:yes" 

この意味は，pandocで一回markdownファイルをlatexという組版システムのファイル
(エンジンとしてはxelatex)に変換してそのlatexのソースをxelatexコマンドを使ってpdfに
しているといった感じだと思います。(lua言語のフィルタを通しているところもありますがここでは割愛)

ここで，「--template」の引数のところで，C:\Users\your_user_name_here(いわゆる%USERPROFILE%)の下にRというフォルダがあってその下のwin-libary\3.6がRにインストールしたパッケージが入っているフォルダで，
その下の\rmarkdown\rmd\latex\default-1.17.0.2.texにlatexに使う定型部分(テンプレート)をlatexの文法で記載しているテキストファイルがあります。

このテキストファイルのおそらく最初の方

$if(geometry)$
\usepackage[$for(geometry)$$geometry$$sep$,$endfor$]{geometry}
$endif$

となっているところ(意味はgeometryパッケージの読み込み。C言語ならinclude，python等ならimportみたいなもの)をlatexのコメントの先頭記号である%をつけて，

$if(geometry)$
%\usepackage[$for(geometry)$$geometry$$sep$,$endfor$]{geometry}
$endif$

のようにコメントアウトしろ，ということです。

default-1.17.0.2.texのファイル名はインストールしているバージョンによって違うと思いますし，
参考にしたサイトに書いてありますが，「rmarkdown」のバージョン2.0であればyamlの対応だけで大丈夫と書いてあります。