MySQL 5.7.12のmysql_upgradeでのエラー

###前提・実現したいこと
FreeBSD 10.3上でMySQLを5.7.10から5.7.12にportmasterを使ってアップデートしたところ、DBにアクセスできなくなりました。

できればダンプからデータベースを復元することなくアップデートを終わらせたいのですが、どのファイルを修正したら良いのでしょうか。

###発生している問題・エラーメッセージ

mysql_upgradeを実行すると、次のようなエラーが出ます。

Checking if update is needed.
Checking server version.
Running queries to upgrade MySQL server.
mysql_upgrade: [ERROR] 1146: Table 'mysql.plugin' doesn't exist

ログファイルを見ると、次のようにエラーが出ています。pluginテーブルだけでなく、他のMySQLテーブルにも「テーブルが存在しない」というエラーがいくつも出ます。

2016-05-08T01:11:56.201600Z 0 [Warning] InnoDB: Cannot open table mysql/plugin from the internal data dictionary of InnoDB thoug
h the .frm file for the table exists. Please refer to http://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/innodb-troubleshooting.html for how
 to resolve the issue.
mysqld: Table 'mysql.plugin' doesn't exist
2016-05-08T01:11:56.201790Z 0 [ERROR] Can't open the mysql.plugin table. Please run mysql_upgrade to create it.
2016-05-08T01:11:56.203440Z 0 [Note] InnoDB: Buffer pool(s) load completed at 160508 10:11:56
2016-05-08T01:11:56.201790Z 0 [ERROR] Can't open the mysql.plugin table. Please run mysql_upgrade to create it.

###該当のソースコード
/etc/rc.confからは次のように起動しています。

lang
1mysql_enable="YES"
2mysql_dbdir="/usr/local/spool/mysql"
3mysql_args="--mysqld-safe-log-timestamps=HYPHEN"

my.cnfの内容は、次のようにしています。

[client]
port                            = 3306
socket                          = /tmp/mysql.sock

[mysql]
no_auto_rehash
default-character-set           = utf8mb4

[mysqld]
user                            = mysql
port                            = 3306
socket                          = /tmp/mysql.sock
bind-address                    = 127.0.0.1
basedir                         = /usr/local
datadir                         = /usr/local/spool/mysql/mysql
tmpdir                          = /var/db/mysql_tmpdir
slave-load-tmpdir               = /var/db/mysql_tmpdir
secure-file-priv                = /var/db/mysql_secure
log-bin                         = mysql-bin
log-output                      = TABLE
master-info-repository          = TABLE
relay-log-info-repository       = TABLE
relay-log-recovery              = 1
slow-query-log                  = 1
server-id                       = 1
sync_binlog                     = 1
sync_relay_log                  = 1
binlog_cache_size               = 16M
expire_logs_days                = 30
default_password_lifetime       = 0
enforce-gtid-consistency        = 1
gtid-mode                       = ON
safe-user-create                = 1
lower_case_table_names          = 1
explicit-defaults-for-timestamp = 1
myisam-recover-options          = BACKUP,FORCE
open_files_limit                = 32768
table_open_cache                = 16384
table_definition_cache          = 8192
net_retry_count                 = 16384
key_buffer_size                 = 256M
max_allowed_packet              = 64M
query_cache_type                = 0
query_cache_size                = 0
long_query_time                 = 0.5
innodb_buffer_pool_size         = 1G
innodb_data_home_dir            = /usr/local/spool/mysql/mysql
innodb_log_group_home_dir       = /usr/local/spool/mysql/mysql
innodb_data_file_path           = ibdata1:128M:autoextend
innodb_temp_data_file_path      = ibtmp1:128M:autoextend
innodb_flush_method             = O_DIRECT
innodb_log_file_size            = 256M
innodb_log_buffer_size          = 16M
innodb_write_io_threads         = 8
innodb_read_io_threads          = 8
innodb_autoinc_lock_mode        = 2
skip-symbolic-links

character-set-server            = utf8mb4

[mysqldump]
max_allowed_packet              = 256M
quote_names
quick

###試したこと
まず、/etc/my.cnfを/usr/local/etc/mysql/my.cnfに移動しました。

次にmy.cnfの中身をmy.cnf.sampleからコピーし、ディレクトリ指定を自分の環境に合わせて書き換えました。（sampleからコピーする前は、デーモンとして起動することもできていませんでした。）

mysqlにログインしてshow tableで確認すると、一覧にpluginテーブルも含まれていますが、テーブル内容を表示しようとすると、エラーとなります。

mysql> use mysql;
Database changed
mysql> show tables;
+---------------------------+
| Tables_in_mysql           |
+---------------------------+
| columns_priv              |
| db                        |
| engine_cost               |
| event                     |
| func                      |
| general_log               |
| gtid_executed             |
| help_category             |
| help_keyword              |
| help_relation             |
| help_topic                |
| host                      |
| innodb_index_stats        |
| innodb_table_stats        |
| ndb_binlog_index          |
| plugin                    |
| proc                      |
| procs_priv                |
| proxies_priv              |
| server_cost               |
| servers                   |
| slave_master_info         |
| slave_relay_log_info      |
| slave_worker_info         |
| slow_log                  |
| tables_priv               |
| time_zone                 |
| time_zone_leap_second     |
| time_zone_name            |
| time_zone_transition      |
| time_zone_transition_type |
| user                      |
+---------------------------+
32 rows in set (0.01 sec)

mysql> select * from plugin;
ERROR 1146 (42S02): Table 'mysql.plugin' doesn't exist

###補足情報(言語/FW/ツール等のバージョンなど)
OSは、FreeBSD10.3-RELEASE-p2です。
MySQLは5.7.10から5.7.12にアップデートしようとしています。
アップデートにはportmaster 3.17.9を使用しました。

VOBは/usr/local/spool/mysqlの下に置いています。