myBytesにはnで指定した長さの文字列が5000から5000刻みで100000まで入っています.
私が実現したいのはn=5000の時の10回平均処理時間を求めて出力,次にn=10000の時の10回平均処理時間を求めて出力という風にしたいので,結果としてprintは19回されなければいけないのに,数は数えられないですが,大量にprintが出力されました.どこが問題になっているか教えていただきたいです.
python
1import time 2import numpy as np 3 4NA ='ACGT' 5n = 100000 6s = '' 7N=10 8myBytes = {} 9for n in range(5000,100000,5000): 10 myBytes[n] = (s.join([random.choice(DNA) for i in range(n)])).encode() 11 for j in range(N): 12 st1_time = time.time() 13 xR = makeSuffixArrayByInducedSorting(myBytes[n],256,0,False) 14 et1_time = time.time() 15 lap1_time= et1_time-st1_time 16 np.mean(lap1_time) 17 st2_time = time.time() 18 nR = naivelyBuildSA(myBytes[n]) 19 et2_time = time.time() 20 lap2_time = et2_time-st2_time 21 np.mean(lap2_time) 22 print("processing time:{} {} {}".format(np.mean(lap1_time),np.mean(lap2_time), xR==nR))
processing time:0.02840709686279297 0.023591995239257812 True
processing time:0.026887893676757812 0.010459184646606445 True
processing time:0.03901791572570801 0.012247085571289062 True
processing time:0.47066211700439453 3.35798978805542 True
とても早いスピードでこのような結果が出力されます.
ただ,printをfor nのインデントに揃えると
processing time:0.02840709686279297 0.023591995239257812 True
一行しか結果が表示されません.
いろいろ考えてみたのですがインデントをmyBytesに揃えるとn=5000の時の10回の平均が出力されてn=10000の時の10回平均が出力されたのですが,
n=100000単体で出力した時のlap2_timeの値が大体12秒なのに対してこのプログラムを実行して求めるとlap2_timeの値が4秒程度になります.これはプログラムとして間違っているのでしょうか.
結果から見るとlap1_timeは単体での結果とほぼ一致していますが,lap2_timeがずれています.
それともlap2_timeに関してもlap1_timeと同じで1から10まで行いたいので,forを一つにしているのですが,別で回す必要がありますか?
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2021/06/01 02:15
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